More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1842 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  100 
 
 		 405 aa  830    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  60.25 
 
 		 410 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  60.68 
 
 		 409 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  60.61 
 
 		 409 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  57.18 
 
 		 418 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.39 
 
 		 415 aa  496  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  60.16 
 
 		 409 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  59.69 
 
 		 407 aa  492  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  59.17 
 
 		 410 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  59.22 
 
 		 411 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  56.25 
 
 		 435 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  59.59 
 
 		 410 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  56.25 
 
 		 409 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  58.38 
 
 		 411 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  58.7 
 
 		 411 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  57.77 
 
 		 411 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  55.73 
 
 		 410 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  55.2 
 
 		 404 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  54.95 
 
 		 410 aa  461  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  55.82 
 
 		 406 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  56.17 
 
 		 406 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  56.35 
 
 		 406 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  54.71 
 
 		 411 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  56.17 
 
 		 410 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  56.14 
 
 		 395 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  53.37 
 
 		 407 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  55.38 
 
 		 403 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  52.91 
 
 		 405 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  54.62 
 
 		 407 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  51.19 
 
 		 401 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  53.18 
 
 		 437 aa  411  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  52.33 
 
 		 406 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  49.62 
 
 		 400 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  52.94 
 
 		 406 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  52.41 
 
 		 406 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  46.72 
 
 		 407 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.95 
 
 		 406 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  47.85 
 
 		 406 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  46.67 
 
 		 409 aa  359  6e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  46.7 
 
 		 399 aa  355  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  45.64 
 
 		 402 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  46.51 
 
 		 406 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  42.11 
 
 		 402 aa  308  9e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  39.95 
 
 		 412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  32.97 
 
 		 414 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  31.77 
 
 		 438 aa  164  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  28.46 
 
 		 434 aa  160  4e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 441 aa  153  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 436 aa  144  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 415 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 		 408 aa  116  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.6 
 
 		 425 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 		 378 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  25.2 
 
 		 480 aa  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 401 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 		 373 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 386 aa  101  3e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 407 aa  99.8  8e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 472 aa  99  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 		 403 aa  98.2  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  23.41 
 
 		 392 aa  94.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  24.49 
 
 		 379 aa  94  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 		 423 aa  94.4  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 		 375 aa  93.6  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.44 
 
 		 378 aa  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.66 
 
 		 519 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 		 370 aa  91.3  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 370 aa  90.9  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 		 368 aa  90.1  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 		 376 aa  90.1  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 382 aa  88.2  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 425 aa  88.2  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 		 398 aa  87  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 380 aa  86.3  9e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 377 aa  86.3  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 377 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 411 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.4 
 
 		 387 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 		 370 aa  83.6  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 378 aa  83.6  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 		 394 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 382 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  21.6 
 
 		 388 aa  81.3  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 394 aa  81.3  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 387 aa  80.9  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 390 aa  80.5  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.25 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 380 aa  79  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 		 385 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 		 385 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 		 384 aa  78.6  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 		 368 aa  77.4  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>