More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4614 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  77.92 
 
 		 409 aa  659    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 406 aa  828    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  81.77 
 
 		 406 aa  699    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  83.99 
 
 		 406 aa  714    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  48.95 
 
 		 407 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  50.13 
 
 		 409 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 		 409 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 		 410 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  50.8 
 
 		 411 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  49.34 
 
 		 409 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  49.33 
 
 		 407 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  49.46 
 
 		 410 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  48.37 
 
 		 415 aa  378  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  49.33 
 
 		 411 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  47.83 
 
 		 410 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  46.72 
 
 		 418 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  47.2 
 
 		 410 aa  377  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  47.73 
 
 		 410 aa  375  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  48.06 
 
 		 404 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  48.13 
 
 		 411 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  45.29 
 
 		 409 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  49.34 
 
 		 410 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  46.46 
 
 		 435 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  47.73 
 
 		 411 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  47.09 
 
 		 395 aa  363  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  48.65 
 
 		 406 aa  363  4e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  47.99 
 
 		 406 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  46.56 
 
 		 405 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  49.33 
 
 		 403 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  48.38 
 
 		 406 aa  360  4e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  47.07 
 
 		 407 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  46.15 
 
 		 406 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  46.47 
 
 		 406 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  45.92 
 
 		 406 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  44.47 
 
 		 437 aa  348  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  44.89 
 
 		 405 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  44.96 
 
 		 401 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  45.9 
 
 		 411 aa  336  5e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  43.59 
 
 		 400 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  41.3 
 
 		 407 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  40.59 
 
 		 402 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  40.05 
 
 		 402 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  40.87 
 
 		 399 aa  278  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  39.34 
 
 		 412 aa  273  3e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  31.23 
 
 		 438 aa  166  9e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 		 415 aa  143  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 		 436 aa  143  7e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 		 441 aa  142  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  25.14 
 
 		 434 aa  137  4e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.25 
 
 		 425 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  26.79 
 
 		 414 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 408 aa  121  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 382 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 		 472 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 		 377 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  25.86 
 
 		 480 aa  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 		 375 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 		 378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 		 386 aa  109  8.000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 		 384 aa  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 403 aa  107  5e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 		 377 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 		 368 aa  103  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 		 423 aa  103  7e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.48 
 
 		 379 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 390 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.62 
 
 		 392 aa  99.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 425 aa  98.2  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 		 398 aa  96.3  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  27.78 
 
 		 385 aa  95.5  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 386 aa  94.4  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 373 aa  94.7  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.68 
 
 		 517 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 385 aa  92  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 398 aa  90.9  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 		 401 aa  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  24.74 
 
 		 386 aa  89.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 394 aa  89  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 370 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 378 aa  89.4  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  35.15 
 
 		 382 aa  87.8  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  24.32 
 
 		 539 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 		 411 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 		 382 aa  84.7  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 		 382 aa  84.7  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 395 aa  84.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.06 
 
 		 519 aa  84.3  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 367 aa  83.2  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 		 388 aa  82.4  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 411 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>