More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3501 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3501  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
448 aa  902    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4105  extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 
407 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
390 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  33.59 
 
 
396 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  33.59 
 
 
396 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  33.2 
 
 
396 aa  117  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  32.71 
 
 
393 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
412 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  31.85 
 
 
394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
415 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.45 
 
 
405 aa  107  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
399 aa  106  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
405 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
406 aa  104  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
383 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
396 aa  100  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
379 aa  99.8  8e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.76 
 
 
376 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 
386 aa  98.6  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
394 aa  98.2  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
383 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 
384 aa  97.1  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
389 aa  95.9  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
405 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
392 aa  94.4  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 
403 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
392 aa  94.7  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.68 
 
 
399 aa  94.4  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
400 aa  93.6  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
383 aa  93.6  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.57 
 
 
380 aa  93.2  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
380 aa  93.2  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 
404 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 
379 aa  92  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 
402 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  31.86 
 
 
410 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
374 aa  90.9  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
400 aa  90.5  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
449 aa  90.1  7e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
379 aa  90.1  8e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
380 aa  89.7  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
401 aa  89  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
397 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
381 aa  88.6  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
400 aa  88.6  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
379 aa  88.2  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
424 aa  88.2  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
378 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
384 aa  87.8  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
386 aa  87  5e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
397 aa  87  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 
382 aa  87  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
381 aa  87  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 
410 aa  87  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
407 aa  86.7  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 
385 aa  86.7  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
383 aa  85.9  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  22.48 
 
 
395 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  25.38 
 
 
368 aa  85.5  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 
412 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
592 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
393 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  27.24 
 
 
379 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
393 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
394 aa  84  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
380 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.44 
 
 
404 aa  84.3  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 
377 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0988  Extracellular ligand-binding receptor  31.54 
 
 
371 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0919893  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.19 
 
 
396 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 
399 aa  84  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
416 aa  83.6  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
380 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
415 aa  84  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
396 aa  83.6  0.000000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
387 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
368 aa  83.2  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.25 
 
 
376 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  24.25 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.82 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.25 
 
 
380 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  25.38 
 
 
368 aa  82.8  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.25 
 
 
380 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
380 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
373 aa  82.4  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.25 
 
 
380 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.25 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
396 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.25 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.76 
 
 
407 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  22.99 
 
 
380 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
437 aa  82.4  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  32.23 
 
 
399 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 
382 aa  82.4  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
391 aa  81.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  22.99 
 
 
391 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  22.99 
 
 
391 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 
387 aa  80.9  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>