More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_D6487 on replicon NC_007337
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
415 aa  843    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  33.58 
 
 
437 aa  215  9e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
402 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  36.13 
 
 
405 aa  204  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  32.82 
 
 
411 aa  200  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  33.59 
 
 
406 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
406 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  32.75 
 
 
406 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.99 
 
 
402 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 
402 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
401 aa  183  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 
411 aa  181  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  31.96 
 
 
421 aa  180  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
401 aa  180  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
395 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 
411 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
395 aa  176  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  32.66 
 
 
395 aa  176  9e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 
398 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 
415 aa  168  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 
408 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
402 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.68 
 
 
415 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
415 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  30.84 
 
 
415 aa  154  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  30.84 
 
 
415 aa  154  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
441 aa  153  7e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  28.67 
 
 
432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  31.29 
 
 
413 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
384 aa  144  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
410 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  30.4 
 
 
422 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  27.22 
 
 
397 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
396 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
417 aa  123  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
402 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
445 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  28.98 
 
 
391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.23 
 
 
398 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.22 
 
 
411 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.88 
 
 
402 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
405 aa  117  5e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.16 
 
 
417 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.74 
 
 
396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  27.78 
 
 
417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  31.36 
 
 
417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
402 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1012  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
438 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0303063  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
397 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  26.67 
 
 
423 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
419 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  25.84 
 
 
395 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 
395 aa  114  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  28.06 
 
 
418 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
418 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
389 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
414 aa  114  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.88 
 
 
404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26 
 
 
402 aa  113  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
397 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.53 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.83 
 
 
396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  27.3 
 
 
405 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  26.28 
 
 
405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.53 
 
 
405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.28 
 
 
405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
397 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
404 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.18 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
417 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
411 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.85 
 
 
405 aa  111  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
415 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.53 
 
 
405 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  26.05 
 
 
390 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
373 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.17 
 
 
395 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  25.59 
 
 
412 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.53 
 
 
405 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
400 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 
415 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
391 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
382 aa  108  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.13 
 
 
403 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  24.34 
 
 
398 aa  107  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.26 
 
 
398 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
416 aa  106  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.26 
 
 
398 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.26 
 
 
398 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  25.31 
 
 
404 aa  106  9e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
395 aa  106  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
390 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 
398 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
393 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
400 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  27.65 
 
 
438 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>