More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4064 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
401 aa  825    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  83.11 
 
 
411 aa  668    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  80.8 
 
 
401 aa  665    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  79.26 
 
 
395 aa  627  1e-179  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  78.99 
 
 
395 aa  624  1e-178  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  70.18 
 
 
406 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  70.26 
 
 
402 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  71.81 
 
 
402 aa  565  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  64.36 
 
 
395 aa  506  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  59.15 
 
 
398 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  61.13 
 
 
402 aa  481  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  58.25 
 
 
411 aa  471  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  59.25 
 
 
405 aa  466  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  56.6 
 
 
421 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  53.65 
 
 
402 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  52.96 
 
 
406 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  54.35 
 
 
406 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
415 aa  183  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
408 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
415 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
396 aa  129  8.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 
390 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
395 aa  125  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
437 aa  122  9e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
410 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  26.88 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 
384 aa  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
396 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
417 aa  116  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
441 aa  116  7.999999999999999e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
445 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 
411 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  25.78 
 
 
410 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.88 
 
 
392 aa  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 
417 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 
432 aa  111  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.36 
 
 
415 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
407 aa  109  9.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
417 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
419 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
413 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
397 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
405 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 
399 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.69 
 
 
399 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
394 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
389 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  29.55 
 
 
405 aa  104  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
415 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  29.09 
 
 
405 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  26.57 
 
 
423 aa  104  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.18 
 
 
438 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  29.55 
 
 
405 aa  103  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  29.09 
 
 
405 aa  102  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  29.09 
 
 
405 aa  102  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  26.07 
 
 
402 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.3 
 
 
451 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  27.9 
 
 
392 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  26.02 
 
 
450 aa  102  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  29.27 
 
 
405 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.38 
 
 
412 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 
411 aa  101  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
445 aa  101  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
400 aa  101  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
419 aa  100  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
395 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  29.3 
 
 
405 aa  100  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  29.02 
 
 
405 aa  100  6e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.07 
 
 
397 aa  100  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.02 
 
 
395 aa  100  7e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1012  extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
438 aa  99.8  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0303063  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.35 
 
 
391 aa  99.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
392 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.95 
 
 
376 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.51 
 
 
411 aa  97.1  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
415 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
391 aa  96.7  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  24.92 
 
 
407 aa  97.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  24.92 
 
 
407 aa  97.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  28.91 
 
 
392 aa  96.3  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
394 aa  95.9  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  27.08 
 
 
410 aa  95.5  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.99 
 
 
414 aa  95.5  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 
397 aa  95.9  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  24.92 
 
 
402 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3980  histidine kinase  25.56 
 
 
659 aa  95.1  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
381 aa  94.4  3e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
400 aa  94.4  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  29.05 
 
 
394 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  27.17 
 
 
412 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
401 aa  94  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.45 
 
 
397 aa  94  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
415 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
392 aa  92.8  8e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.53 
 
 
401 aa  92.8  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
386 aa  92.8  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.81 
 
 
400 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>