More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0126 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
402 aa  817    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  58.2 
 
 
395 aa  465  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  56.72 
 
 
405 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  53.32 
 
 
411 aa  455  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  59.57 
 
 
421 aa  448  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  57.38 
 
 
401 aa  447  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  53.65 
 
 
401 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  52.7 
 
 
398 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  54.2 
 
 
402 aa  431  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.2 
 
 
402 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  53.28 
 
 
395 aa  431  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  53.52 
 
 
395 aa  431  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  52.03 
 
 
406 aa  429  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  54.99 
 
 
411 aa  430  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  54.25 
 
 
402 aa  426  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  50.91 
 
 
406 aa  389  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  49.61 
 
 
406 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
415 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 
384 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 
408 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
390 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
410 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
415 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
417 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
414 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.17 
 
 
399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
415 aa  111  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
415 aa  111  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.75 
 
 
392 aa  110  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
396 aa  109  7.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
411 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
417 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  25.13 
 
 
405 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.13 
 
 
405 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
437 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.13 
 
 
405 aa  107  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  25.08 
 
 
422 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 
405 aa  106  6e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.13 
 
 
405 aa  106  6e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.87 
 
 
405 aa  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
413 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
441 aa  103  6e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.34 
 
 
395 aa  103  7e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  24.6 
 
 
405 aa  103  8e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.34 
 
 
405 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
394 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  26.54 
 
 
417 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.07 
 
 
405 aa  102  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
396 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.33 
 
 
397 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.78 
 
 
402 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
389 aa  100  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
395 aa  99.4  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  27.02 
 
 
402 aa  99.4  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  26.5 
 
 
407 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.5 
 
 
407 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  25.4 
 
 
390 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  23.16 
 
 
416 aa  97.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
445 aa  96.7  7e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.88 
 
 
415 aa  96.3  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
376 aa  96.3  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  24.92 
 
 
418 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
400 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
418 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  23.42 
 
 
416 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.44 
 
 
397 aa  95.1  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2066  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
399 aa  94  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.438352  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
400 aa  94  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
401 aa  92.8  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  25.56 
 
 
412 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.28 
 
 
397 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
395 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  24.69 
 
 
423 aa  90.9  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
401 aa  90.9  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 
406 aa  90.5  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.32 
 
 
401 aa  90.1  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  22.54 
 
 
391 aa  90.1  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
393 aa  90.1  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 
394 aa  90.1  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.68 
 
 
451 aa  89.7  7e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
394 aa  89.7  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
390 aa  89.7  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
395 aa  89.7  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
397 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  25.56 
 
 
410 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
404 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
432 aa  88.6  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.9 
 
 
400 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.02 
 
 
401 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.9 
 
 
400 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 
413 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 
418 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 
382 aa  87.8  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 
418 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
389 aa  88.2  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.69 
 
 
411 aa  87.8  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>