More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1374 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  90.86 
 
 		 397 aa  685    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  91.08 
 
 		 400 aa  714    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 393 aa  792    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  88.83 
 
 		 394 aa  709    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  90.91 
 
 		 394 aa  705    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  68.98 
 
 		 395 aa  544  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  70.16 
 
 		 400 aa  533  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2066  Extracellular ligand-binding receptor  68.01 
 
 		 399 aa  518  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.438352  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  66.22 
 
 		 397 aa  509  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  61.56 
 
 		 415 aa  511  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0332  extracellular ligand-binding receptor  65.96 
 
 		 399 aa  475  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  63.44 
 
 		 403 aa  448  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  45.5 
 
 		 405 aa  347  1e-94  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  45.76 
 
 		 405 aa  345  1e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  45.5 
 
 		 395 aa  342  8e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  45.5 
 
 		 405 aa  342  9e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  45.5 
 
 		 405 aa  341  1e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  46.02 
 
 		 405 aa  341  2e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  46.02 
 
 		 405 aa  339  5e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  45.76 
 
 		 405 aa  338  7e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  45.24 
 
 		 405 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  44.99 
 
 		 405 aa  334  2e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  38.98 
 
 		 450 aa  243  3e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 470 aa  176  8e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  34.13 
 
 		 394 aa  168  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 393 aa  145  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 391 aa  144  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 		 420 aa  142  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 		 407 aa  134  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 		 390 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 384 aa  126  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 408 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  30.54 
 
 		 392 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 390 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 415 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 		 392 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 		 395 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 397 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  29.26 
 
 		 410 aa  100  6e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 411 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 		 390 aa  100  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 445 aa  99.8  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  29.75 
 
 		 392 aa  99.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 390 aa  98.2  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 		 395 aa  96.7  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  23.23 
 
 		 395 aa  96.3  8e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 		 390 aa  95.9  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 395 aa  95.9  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 		 395 aa  94.4  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 		 402 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 		 395 aa  94.4  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  29.87 
 
 		 405 aa  94  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 		 413 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 390 aa  93.2  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 415 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 		 401 aa  92.8  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 415 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  25.54 
 
 		 390 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.9 
 
 		 397 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 396 aa  91.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 		 393 aa  91.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 415 aa  92  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 395 aa  90.9  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 396 aa  90.1  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 		 401 aa  90.5  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 389 aa  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  26.65 
 
 		 406 aa  89  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2173  branched chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  26.03 
 
 		 455 aa  89  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.473102  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 		 388 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 		 388 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 390 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 		 390 aa  89  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2526  branched chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  25.6 
 
 		 471 aa  88.6  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.859261  normal  0.847765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  26.81 
 
 		 395 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.22 
 
 		 415 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  25.07 
 
 		 402 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 		 415 aa  87.4  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  28.54 
 
 		 402 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 376 aa  87  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  24.61 
 
 		 402 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 419 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 		 391 aa  86.7  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 		 390 aa  86.3  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27.36 
 
 		 407 aa  86.3  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 		 414 aa  85.5  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 		 411 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.2 
 
 		 401 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.87 
 
 		 397 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 		 391 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 432 aa  84  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 392 aa  83.6  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 399 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  25.96 
 
 		 402 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.67 
 
 		 399 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 		 387 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.44 
 
 		 417 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 398 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>