More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0038 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
391 aa  778    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  77 
 
 
394 aa  609  1e-173  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  60.85 
 
 
407 aa  429  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  56.32 
 
 
420 aa  392  1e-108  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  52.63 
 
 
393 aa  361  1e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
450 aa  182  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2066  Extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 
399 aa  159  9e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.438352  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  31.76 
 
 
415 aa  156  7e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 
397 aa  155  8e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  31.32 
 
 
400 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  31.09 
 
 
405 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  30.67 
 
 
405 aa  154  4e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  30.4 
 
 
405 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  30.85 
 
 
405 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 
405 aa  152  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  30.42 
 
 
405 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  30.42 
 
 
405 aa  152  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.42 
 
 
395 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
470 aa  150  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  29.97 
 
 
405 aa  149  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  31.29 
 
 
400 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  29.9 
 
 
405 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  31.29 
 
 
394 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
394 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.68 
 
 
397 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  30.96 
 
 
393 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0332  extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
399 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
403 aa  120  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  26.38 
 
 
397 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
390 aa  97.1  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
384 aa  95.5  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
396 aa  94.7  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
390 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
395 aa  89.7  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
390 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
387 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
397 aa  88.2  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
392 aa  87.8  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  26.63 
 
 
421 aa  87.8  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 
396 aa  86.7  6e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  32.79 
 
 
400 aa  86.7  7e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
395 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  22.38 
 
 
410 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 
414 aa  85.5  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
395 aa  84.3  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 
408 aa  83.2  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  29.96 
 
 
401 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
390 aa  78.2  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
387 aa  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
411 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 
391 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  23.59 
 
 
402 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  23.63 
 
 
389 aa  77.4  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
398 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  26.85 
 
 
406 aa  76.3  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
390 aa  75.5  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
395 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.89 
 
 
395 aa  74.3  0.000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
402 aa  74.7  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
368 aa  74.3  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  23.67 
 
 
382 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 
382 aa  73.2  0.000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
407 aa  73.2  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
388 aa  73.2  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
388 aa  73.2  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
411 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
405 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  22.68 
 
 
402 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  25.14 
 
 
393 aa  71.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
412 aa  71.6  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  26.34 
 
 
395 aa  72  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
401 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
417 aa  70.9  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 
390 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.67 
 
 
419 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
384 aa  70.5  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  24.66 
 
 
368 aa  70.1  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
406 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  24.37 
 
 
393 aa  70.1  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
367 aa  69.7  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
367 aa  69.7  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  22.45 
 
 
395 aa  69.7  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  22 
 
 
390 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
379 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  23.99 
 
 
368 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
373 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  24.66 
 
 
368 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
379 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
411 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 
376 aa  68.2  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
339 aa  68.9  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
394 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.57 
 
 
378 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27.31 
 
 
419 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  23.7 
 
 
392 aa  67.4  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.46 
 
 
371 aa  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
411 aa  66.2  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  24.88 
 
 
392 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  24.57 
 
 
390 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>