More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0288 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  79.49 
 
 		 395 aa  635    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  87.69 
 
 		 390 aa  687    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 390 aa  788    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  82.03 
 
 		 391 aa  640    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  78.46 
 
 		 390 aa  629  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  64.62 
 
 		 392 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  63.85 
 
 		 392 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  67.31 
 
 		 392 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  63.59 
 
 		 392 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  57.3 
 
 		 391 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  57.46 
 
 		 393 aa  418  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  57.73 
 
 		 388 aa  408  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  57.73 
 
 		 388 aa  408  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  52.04 
 
 		 392 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  46.56 
 
 		 397 aa  350  3e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  43.46 
 
 		 390 aa  299  5e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  43.78 
 
 		 390 aa  297  2e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  41.86 
 
 		 391 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  43.52 
 
 		 390 aa  295  1e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  44.92 
 
 		 406 aa  291  9e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  41.35 
 
 		 390 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  42.34 
 
 		 390 aa  290  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  40.1 
 
 		 392 aa  289  7e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  43.08 
 
 		 390 aa  288  9e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  42.71 
 
 		 390 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  41.32 
 
 		 368 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  39.85 
 
 		 392 aa  276  6e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  31.73 
 
 		 395 aa  206  6e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  34.53 
 
 		 390 aa  188  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  38.53 
 
 		 395 aa  182  8.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 		 393 aa  176  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  34.52 
 
 		 389 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  34.77 
 
 		 406 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 390 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  31.39 
 
 		 395 aa  170  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  34.16 
 
 		 387 aa  169  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  34.34 
 
 		 394 aa  169  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  31.64 
 
 		 402 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  31.61 
 
 		 402 aa  166  8e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 		 390 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  32.77 
 
 		 390 aa  162  8.000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  31.62 
 
 		 387 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  30.67 
 
 		 397 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  32.7 
 
 		 392 aa  155  8e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  32.59 
 
 		 410 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 		 395 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  31.87 
 
 		 395 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 395 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 		 413 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  32.27 
 
 		 392 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  32.15 
 
 		 390 aa  143  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 401 aa  143  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  32.13 
 
 		 392 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 395 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 		 388 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 399 aa  135  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 		 391 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  31.61 
 
 		 389 aa  133  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 		 389 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 388 aa  129  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 		 412 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  30.54 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 		 390 aa  126  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 		 391 aa  126  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 401 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.55 
 
 		 399 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 		 389 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 		 389 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 		 414 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 		 390 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  30.23 
 
 		 381 aa  117  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 		 407 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  29.74 
 
 		 405 aa  114  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  30 
 
 		 405 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 405 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 		 426 aa  113  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 389 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  29.74 
 
 		 405 aa  113  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.28 
 
 		 395 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.97 
 
 		 405 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  29.23 
 
 		 405 aa  110  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  29.23 
 
 		 405 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.97 
 
 		 405 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 384 aa  109  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 		 423 aa  109  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 		 450 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.97 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 396 aa  107  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 		 378 aa  106  8e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 390 aa  106  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 		 379 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 400 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 370 aa  105  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 		 399 aa  103  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 379 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 400 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 		 394 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>