More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4056 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  88.98 
 
 		 397 aa  671    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  93.91 
 
 		 394 aa  747    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  96 
 
 		 400 aa  768    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  91.13 
 
 		 393 aa  688    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 394 aa  801    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  68.72 
 
 		 395 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  70.16 
 
 		 400 aa  536  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2066  Extracellular ligand-binding receptor  68.82 
 
 		 399 aa  524  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.438352  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  62.31 
 
 		 415 aa  521  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  67.82 
 
 		 397 aa  517  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0332  extracellular ligand-binding receptor  64.55 
 
 		 399 aa  469  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  61.29 
 
 		 403 aa  441  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  46.55 
 
 		 405 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  47.06 
 
 		 405 aa  355  8.999999999999999e-97  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  47.06 
 
 		 405 aa  353  4e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  46.8 
 
 		 405 aa  352  5e-96  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  46.8 
 
 		 395 aa  352  5.9999999999999994e-96  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  47.31 
 
 		 405 aa  352  8e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  47.31 
 
 		 405 aa  350  2e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  47.06 
 
 		 405 aa  350  3e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  47.98 
 
 		 405 aa  346  5e-94  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  47.71 
 
 		 405 aa  343  4e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  37.17 
 
 		 450 aa  247  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  34.25 
 
 		 470 aa  189  5.999999999999999e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  33.08 
 
 		 394 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  33.79 
 
 		 393 aa  157  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 		 420 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 		 391 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  30.69 
 
 		 407 aa  142  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 		 408 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  29.56 
 
 		 392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 410 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 		 392 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 		 395 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 411 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 392 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  28.96 
 
 		 392 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 		 397 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 		 390 aa  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 		 390 aa  103  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 395 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  28.94 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 415 aa  101  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 415 aa  101  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 		 395 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 393 aa  99.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 390 aa  98.6  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 415 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 445 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 		 390 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 		 405 aa  97.8  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2526  branched chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  27.2 
 
 		 471 aa  97.4  4e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.859261  normal  0.847765 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 395 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 		 396 aa  97.1  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 388 aa  96.3  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 388 aa  96.3  9e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 		 413 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  23.87 
 
 		 415 aa  95.1  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 401 aa  94.7  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 		 395 aa  94  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 		 389 aa  93.6  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 		 395 aa  93.6  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 395 aa  93.2  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 391 aa  92.8  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2173  branched chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  26.81 
 
 		 455 aa  92.8  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.473102  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 390 aa  91.3  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 		 402 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  24.6 
 
 		 402 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 		 391 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 		 376 aa  90.9  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 		 432 aa  90.9  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 		 390 aa  90.5  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 		 402 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 		 390 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.49 
 
 		 417 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  24.93 
 
 		 415 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  27.59 
 
 		 413 aa  89  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 		 401 aa  89.4  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  25.07 
 
 		 390 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 		 402 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  25.84 
 
 		 387 aa  88.6  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  26.05 
 
 		 406 aa  88.2  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 389 aa  88.6  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  25.8 
 
 		 421 aa  88.6  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.47 
 
 		 397 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 417 aa  87.4  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 		 387 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 		 415 aa  87  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 		 411 aa  86.3  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.52 
 
 		 401 aa  86.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  26.81 
 
 		 395 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3229  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  26.85 
 
 		 412 aa  85.9  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.13 
 
 		 407 aa  85.5  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>