More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2416 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  81.82 
 
 		 400 aa  637    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 397 aa  808    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2066  Extracellular ligand-binding receptor  82.04 
 
 		 399 aa  625  1e-178  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.438352  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  73.18 
 
 		 415 aa  601  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  73.8 
 
 		 395 aa  599  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0332  extracellular ligand-binding receptor  73 
 
 		 399 aa  553  1e-156  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  70.59 
 
 		 403 aa  526  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  66.67 
 
 		 394 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  67.82 
 
 		 394 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  67.11 
 
 		 400 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  66.58 
 
 		 393 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  66.31 
 
 		 397 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  46.45 
 
 		 405 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  46.45 
 
 		 405 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  46.45 
 
 		 395 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  46.45 
 
 		 405 aa  336  5e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  45.43 
 
 		 405 aa  333  3e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  46.45 
 
 		 405 aa  332  6e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  46.19 
 
 		 405 aa  330  2e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  46.45 
 
 		 405 aa  331  2e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  45.94 
 
 		 405 aa  329  6e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  45.94 
 
 		 405 aa  329  6e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  35.7 
 
 		 450 aa  226  8e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  32.55 
 
 		 470 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  33.58 
 
 		 394 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 		 407 aa  169  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  31.46 
 
 		 391 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 		 393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 420 aa  147  3e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 		 384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 		 390 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 		 408 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 389 aa  101  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 395 aa  99.8  7e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 		 389 aa  99.4  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  29.68 
 
 		 392 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 395 aa  98.6  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 410 aa  96.3  9e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  27.09 
 
 		 402 aa  96.3  9e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 		 390 aa  95.9  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 		 392 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 		 390 aa  92.8  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 		 390 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2173  branched chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  28.11 
 
 		 455 aa  92  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.473102  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2526  branched chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  26.95 
 
 		 471 aa  91.3  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.859261  normal  0.847765 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 		 415 aa  91.3  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  27.15 
 
 		 390 aa  91.3  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  26.1 
 
 		 402 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 		 402 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.59 
 
 		 395 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  26.61 
 
 		 390 aa  90.5  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 		 415 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 398 aa  90.1  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 397 aa  90.1  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 		 396 aa  89.7  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 		 391 aa  89.7  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.19 
 
 		 397 aa  89.4  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 390 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 		 392 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 376 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 		 391 aa  86.7  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 401 aa  86.3  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  27.78 
 
 		 393 aa  86.3  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 		 395 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 		 390 aa  85.1  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 393 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 396 aa  84.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  28.7 
 
 		 392 aa  84  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 417 aa  82.8  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.75 
 
 		 417 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  25.26 
 
 		 422 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 		 388 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  21.48 
 
 		 412 aa  81.3  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 415 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 		 388 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 		 445 aa  80.9  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 401 aa  80.5  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  26.12 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 		 395 aa  79  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 395 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 390 aa  79  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 		 387 aa  78.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  24.27 
 
 		 410 aa  77  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  26.33 
 
 		 402 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 395 aa  76.6  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 397 aa  76.3  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 		 413 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.72 
 
 		 401 aa  75.9  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 395 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  24.1 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  25.58 
 
 		 392 aa  74.7  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  25.24 
 
 		 395 aa  74.7  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  24.73 
 
 		 395 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  27.09 
 
 		 402 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>