More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7912 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
407 aa  811    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  61 
 
 
394 aa  481  1e-134  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  57.93 
 
 
391 aa  450  1e-125  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  62.93 
 
 
420 aa  424  1e-117  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  56.45 
 
 
393 aa  392  1e-108  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  36.24 
 
 
450 aa  205  1e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 
397 aa  169  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
470 aa  169  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  31.97 
 
 
405 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.97 
 
 
405 aa  163  6e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  31.97 
 
 
405 aa  162  7e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.16 
 
 
395 aa  163  7e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  32.8 
 
 
400 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  32.38 
 
 
405 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  32.9 
 
 
405 aa  159  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  32.38 
 
 
405 aa  158  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  32.47 
 
 
405 aa  158  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  32.47 
 
 
405 aa  158  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  33.77 
 
 
405 aa  156  6e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2066  Extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
399 aa  151  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.438352  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
415 aa  146  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  30.67 
 
 
400 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  30.69 
 
 
394 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
394 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 
395 aa  140  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.49 
 
 
397 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0332  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
399 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
403 aa  123  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
390 aa  107  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.3 
 
 
397 aa  107  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
395 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
396 aa  96.7  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
410 aa  95.5  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
390 aa  96.3  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
384 aa  95.1  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
400 aa  94.4  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 
414 aa  90.5  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 
397 aa  89.4  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  28 
 
 
393 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
401 aa  88.6  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
395 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
396 aa  87.4  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  25.68 
 
 
406 aa  87  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  29.04 
 
 
421 aa  87  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.41 
 
 
395 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
390 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
391 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
415 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
405 aa  83.2  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
397 aa  83.2  0.000000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
398 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
406 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 
395 aa  81.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
367 aa  80.9  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
367 aa  80.5  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
402 aa  79.3  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  24.39 
 
 
412 aa  79  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
395 aa  77.8  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.81 
 
 
388 aa  77.8  0.0000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 
382 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
392 aa  77.4  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
368 aa  77.4  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
402 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 
391 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
339 aa  76.6  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
387 aa  76.3  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
411 aa  76.3  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
390 aa  75.5  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
390 aa  75.1  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
391 aa  74.7  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27 
 
 
402 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
406 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
401 aa  73.9  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2894  Extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 
421 aa  73.9  0.000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
368 aa  73.9  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
417 aa  73.6  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
379 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
392 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
419 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  33.81 
 
 
400 aa  72  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.84 
 
 
378 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  28.22 
 
 
368 aa  71.6  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
390 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
408 aa  71.2  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
393 aa  71.2  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
376 aa  71.2  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 
411 aa  70.9  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
402 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  29.22 
 
 
392 aa  70.1  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  30.17 
 
 
392 aa  70.1  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
411 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
379 aa  69.7  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  28.22 
 
 
368 aa  69.3  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
395 aa  69.3  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
395 aa  69.3  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
445 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.63 
 
 
417 aa  68.6  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  24.42 
 
 
392 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>