More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1622 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
389 aa  786    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  71.17 
 
 
395 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  73.71 
 
 
390 aa  572  1.0000000000000001e-162  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  70.88 
 
 
393 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  70.8 
 
 
397 aa  568  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  71.43 
 
 
392 aa  563  1.0000000000000001e-159  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  74.17 
 
 
387 aa  558  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  72.58 
 
 
394 aa  543  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  67.36 
 
 
387 aa  543  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  69.13 
 
 
390 aa  538  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  70.17 
 
 
390 aa  534  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  65.08 
 
 
390 aa  535  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  67.49 
 
 
395 aa  521  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  65.44 
 
 
395 aa  518  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  63.19 
 
 
395 aa  512  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  65.1 
 
 
406 aa  504  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  61.48 
 
 
395 aa  490  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  60.75 
 
 
402 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  60.11 
 
 
402 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  53.95 
 
 
392 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  54.55 
 
 
392 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  35.68 
 
 
390 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  37.98 
 
 
410 aa  233  5e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  36.68 
 
 
389 aa  233  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  35.29 
 
 
395 aa  225  1e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  36.64 
 
 
390 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
412 aa  213  4.9999999999999996e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  36.66 
 
 
396 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  34.91 
 
 
401 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  35.28 
 
 
391 aa  205  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  34.17 
 
 
389 aa  204  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
388 aa  203  5e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 
388 aa  203  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  32.79 
 
 
399 aa  202  6e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  35.28 
 
 
398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  35.12 
 
 
392 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
389 aa  191  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 
389 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  33.78 
 
 
392 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  34.57 
 
 
386 aa  186  8e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  34.95 
 
 
390 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  33.86 
 
 
391 aa  184  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  35.34 
 
 
390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  32.07 
 
 
379 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 
391 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  33.16 
 
 
390 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 
400 aa  179  5.999999999999999e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
390 aa  179  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
413 aa  179  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  33.9 
 
 
392 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  34.47 
 
 
392 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 
390 aa  177  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
395 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 
379 aa  175  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 
414 aa  175  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
395 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
389 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  36.15 
 
 
387 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  32.25 
 
 
390 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 
401 aa  166  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
397 aa  166  8e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  34.26 
 
 
393 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
407 aa  164  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 
395 aa  163  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  34.04 
 
 
399 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  32.7 
 
 
388 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  32.7 
 
 
388 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  30.99 
 
 
381 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  32.42 
 
 
391 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  29.07 
 
 
393 aa  159  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  31.17 
 
 
392 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
390 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 
391 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 
384 aa  153  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  30.67 
 
 
399 aa  151  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
376 aa  152  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  30.7 
 
 
390 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 
392 aa  149  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
390 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  30.37 
 
 
390 aa  146  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
413 aa  145  9e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 
398 aa  145  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
390 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
390 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  30.1 
 
 
390 aa  144  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
390 aa  142  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.19 
 
 
399 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
426 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 
423 aa  139  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
425 aa  139  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 
396 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  31.3 
 
 
406 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
396 aa  125  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
396 aa  122  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
470 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 
417 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 
398 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
395 aa  116  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  28.04 
 
 
401 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>