More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0631 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
390 aa  797    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  77.12 
 
 
389 aa  639    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  57.56 
 
 
389 aa  481  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  56.56 
 
 
388 aa  455  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  53.91 
 
 
388 aa  451  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  55.62 
 
 
399 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  51.1 
 
 
389 aa  399  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
401 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  47.62 
 
 
389 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  48.59 
 
 
395 aa  382  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  48.53 
 
 
391 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  49.86 
 
 
390 aa  359  4e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  45.63 
 
 
379 aa  334  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  45.76 
 
 
381 aa  329  5.0000000000000004e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  44.13 
 
 
390 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  42.89 
 
 
389 aa  325  1e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  43.96 
 
 
396 aa  322  5e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  41.26 
 
 
391 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  43.72 
 
 
390 aa  316  4e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  44.14 
 
 
379 aa  315  9.999999999999999e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  41.8 
 
 
407 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  43.41 
 
 
398 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  42.89 
 
 
395 aa  312  6.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  44.81 
 
 
376 aa  311  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  43.8 
 
 
386 aa  305  1.0000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  40 
 
 
390 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  43.92 
 
 
399 aa  282  9e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  40.93 
 
 
387 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  36.8 
 
 
393 aa  251  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  34.08 
 
 
387 aa  195  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  34.13 
 
 
402 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  32.8 
 
 
392 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  33.6 
 
 
402 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 
390 aa  189  7e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  31.97 
 
 
397 aa  187  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
395 aa  186  7e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  33.16 
 
 
395 aa  186  8e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  32.12 
 
 
393 aa  182  7e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  31.88 
 
 
387 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
389 aa  179  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  31.06 
 
 
395 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 
394 aa  176  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
390 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
395 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  31.82 
 
 
390 aa  174  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 
395 aa  173  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
390 aa  164  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  31.25 
 
 
392 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  32.15 
 
 
392 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  29.35 
 
 
406 aa  159  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  29.84 
 
 
392 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
395 aa  150  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 
410 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
392 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  27.56 
 
 
392 aa  139  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
413 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  28.43 
 
 
390 aa  133  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
397 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
390 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
395 aa  129  8.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
414 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
391 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
401 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 
412 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
392 aa  116  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.6 
 
 
399 aa  113  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
388 aa  112  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
388 aa  112  9e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
382 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
384 aa  109  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  27.44 
 
 
386 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1110  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.41 
 
 
134 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  28.07 
 
 
392 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  27.01 
 
 
393 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
387 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  26.87 
 
 
406 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.03 
 
 
376 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
391 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
390 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
400 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
399 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
396 aa  101  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4821  putative ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  24.54 
 
 
416 aa  99.4  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.675554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
390 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
423 aa  98.6  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 
382 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
368 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
392 aa  97.8  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.98 
 
 
389 aa  97.8  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
415 aa  97.1  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
396 aa  96.3  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
425 aa  96.3  9e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  25.19 
 
 
390 aa  94.7  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
391 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 
395 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 
396 aa  92  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>