More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2244 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  100 
 
 		 392 aa  793    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  88.21 
 
 		 388 aa  702    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  88.21 
 
 		 388 aa  702    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  75.38 
 
 		 393 aa  613  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  75.89 
 
 		 391 aa  598  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  54.31 
 
 		 397 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  55.21 
 
 		 395 aa  421  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  54.08 
 
 		 390 aa  421  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  55.01 
 
 		 392 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  52.04 
 
 		 390 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  52.55 
 
 		 390 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  52.3 
 
 		 391 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  52.96 
 
 		 392 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  55.07 
 
 		 392 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  54.37 
 
 		 392 aa  388  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  48.35 
 
 		 390 aa  360  3e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  47.69 
 
 		 390 aa  358  9.999999999999999e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  48.35 
 
 		 390 aa  358  9.999999999999999e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  48.1 
 
 		 390 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  47.91 
 
 		 390 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  47.56 
 
 		 390 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  47.83 
 
 		 390 aa  352  7e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  46.09 
 
 		 391 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  44.78 
 
 		 368 aa  323  4e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  44.09 
 
 		 392 aa  320  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  42.82 
 
 		 392 aa  315  7e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  45.01 
 
 		 406 aa  295  9e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  33.7 
 
 		 395 aa  220  3e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 410 aa  169  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 390 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  31.97 
 
 		 395 aa  164  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 		 390 aa  159  6e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  30.15 
 
 		 406 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  32.5 
 
 		 390 aa  155  9e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 412 aa  155  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 		 389 aa  155  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  31.44 
 
 		 402 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  31.82 
 
 		 402 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 		 413 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 		 393 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 		 414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 387 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 		 395 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 395 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 		 397 aa  141  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  30.65 
 
 		 395 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 		 392 aa  140  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  29.92 
 
 		 392 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 		 395 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  30.66 
 
 		 387 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 		 395 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  30.55 
 
 		 396 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 		 391 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 		 392 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 		 401 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 426 aa  127  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 		 394 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 		 401 aa  124  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.65 
 
 		 399 aa  124  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 423 aa  123  5e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 		 390 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  29.84 
 
 		 390 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 		 390 aa  119  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 		 389 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 		 384 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 388 aa  116  8.999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 		 399 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 		 388 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 		 390 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 		 425 aa  106  8e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 		 389 aa  106  9e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 		 389 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  28.31 
 
 		 390 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 		 391 aa  103  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 		 390 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 		 402 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1162  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.82 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.438916  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 400 aa  100  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1037  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.82 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.148346  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 		 399 aa  100  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 		 417 aa  100  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0770  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.41 
 
 		 369 aa  100  6e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.132066  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  28.72 
 
 		 381 aa  100  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 407 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 401 aa  97.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 		 374 aa  97.4  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0399  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  26.35 
 
 		 372 aa  96.7  7e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 415 aa  95.9  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 413 aa  94.7  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 376 aa  94.7  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  25.38 
 
 		 405 aa  94  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 396 aa  94  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1110  branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 370 aa  93.6  6e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.63 
 
 		 405 aa  93.2  7e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 379 aa  92.8  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 		 407 aa  92.8  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>