More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2237 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 376 aa  761    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  80.28 
 
 		 379 aa  594  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  70.98 
 
 		 381 aa  532  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  51.64 
 
 		 388 aa  383  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  50.96 
 
 		 399 aa  378  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  48.69 
 
 		 388 aa  363  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  47.67 
 
 		 389 aa  350  3e-95  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  46.45 
 
 		 389 aa  344  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  48.09 
 
 		 401 aa  336  3.9999999999999995e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  48.59 
 
 		 390 aa  334  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  45.53 
 
 		 390 aa  332  8e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  46.09 
 
 		 407 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  44.3 
 
 		 389 aa  323  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  47.12 
 
 		 391 aa  323  4e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  44.01 
 
 		 389 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  44.5 
 
 		 390 aa  315  7e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  43.41 
 
 		 391 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  43.68 
 
 		 379 aa  297  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  39.85 
 
 		 389 aa  296  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  42.39 
 
 		 396 aa  292  8e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  41.82 
 
 		 395 aa  290  4e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  43.15 
 
 		 395 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  43.06 
 
 		 386 aa  286  5e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  42.12 
 
 		 398 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  46.13 
 
 		 387 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  42.47 
 
 		 399 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  40.16 
 
 		 390 aa  279  7e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  39.36 
 
 		 390 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  37.28 
 
 		 393 aa  241  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  33.88 
 
 		 402 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  31.44 
 
 		 392 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 		 410 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  33.06 
 
 		 402 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 		 387 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  31.04 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 		 387 aa  158  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  30.48 
 
 		 390 aa  156  6e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 395 aa  156  7e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 389 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 395 aa  153  5e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 		 393 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 		 395 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 		 414 aa  152  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 394 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 392 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  28.92 
 
 		 395 aa  149  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 395 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 		 395 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 		 390 aa  146  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 		 397 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  29.92 
 
 		 406 aa  145  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 		 390 aa  140  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 		 401 aa  139  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 		 392 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  27.89 
 
 		 392 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 		 392 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 		 412 aa  130  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  28.99 
 
 		 392 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 		 400 aa  129  9.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 390 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 		 399 aa  119  9e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.54 
 
 		 399 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 426 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 391 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 		 390 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 		 423 aa  116  7.999999999999999e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 		 390 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 		 395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 		 384 aa  111  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 		 400 aa  110  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 413 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.32 
 
 		 397 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  30.66 
 
 		 406 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 		 390 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 		 390 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.14 
 
 		 376 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 388 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 388 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 		 390 aa  105  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  27.56 
 
 		 393 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 413 aa  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  29.5 
 
 		 390 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 396 aa  104  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  29.24 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 		 397 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 391 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.34 
 
 		 399 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 395 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 390 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 		 390 aa  99.8  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 398 aa  99.8  8e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  29.23 
 
 		 405 aa  99  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  26.01 
 
 		 392 aa  97.8  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 		 396 aa  97.4  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 		 391 aa  97.4  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  26.98 
 
 		 413 aa  96.7  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 		 419 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>