More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2717 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
396 aa  811    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  79.57 
 
 
396 aa  632  1e-180  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  64.14 
 
 
395 aa  518  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  32.25 
 
 
397 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30.92 
 
 
390 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
410 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
384 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 
408 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
411 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 
415 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
415 aa  136  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 
417 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.22 
 
 
402 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
415 aa  127  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  28.25 
 
 
450 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
389 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
401 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  29.15 
 
 
450 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
412 aa  124  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
395 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
414 aa  123  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
415 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
395 aa  122  8e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  28.21 
 
 
450 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
405 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  28.35 
 
 
450 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
401 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  27.85 
 
 
450 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
413 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
395 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
411 aa  120  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  29.45 
 
 
402 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
419 aa  119  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
417 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 
437 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  28.57 
 
 
406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
393 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
406 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.04 
 
 
376 aa  117  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
411 aa  116  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
417 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
445 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
395 aa  113  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  28.53 
 
 
381 aa  113  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
395 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0498  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.22 
 
 
416 aa  112  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1372  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  30.48 
 
 
395 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
430 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
388 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
389 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  26.62 
 
 
406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
395 aa  110  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
390 aa  110  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
390 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
399 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
391 aa  110  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
407 aa  109  7.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  26.49 
 
 
452 aa  109  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
397 aa  109  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  26.89 
 
 
395 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  31.41 
 
 
382 aa  109  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  27.3 
 
 
392 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
402 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
395 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
395 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  25.77 
 
 
448 aa  108  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.72 
 
 
419 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
420 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  27.78 
 
 
390 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
397 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  28.69 
 
 
438 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.6 
 
 
415 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 
375 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
401 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  26.58 
 
 
463 aa  106  6e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  29.28 
 
 
404 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.57 
 
 
471 aa  106  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.28 
 
 
425 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  29.28 
 
 
425 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
390 aa  106  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  29.28 
 
 
425 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  29.28 
 
 
425 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
389 aa  106  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
382 aa  106  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  29.28 
 
 
425 aa  106  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
394 aa  106  8e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  27.06 
 
 
393 aa  106  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
411 aa  106  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.57 
 
 
471 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.2 
 
 
419 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
397 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
432 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
400 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>