More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5095 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  100 
 
 
381 aa  774    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  73.26 
 
 
379 aa  552  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  72.83 
 
 
376 aa  531  1e-150  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  53.55 
 
 
399 aa  396  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  50.68 
 
 
388 aa  381  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  47.4 
 
 
389 aa  365  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  47.16 
 
 
388 aa  357  9.999999999999999e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  47.03 
 
 
389 aa  350  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  49.23 
 
 
407 aa  347  3e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 
391 aa  341  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  44.24 
 
 
389 aa  340  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  46.51 
 
 
390 aa  337  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  47.14 
 
 
401 aa  333  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  47.81 
 
 
379 aa  330  2e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  44.97 
 
 
389 aa  322  5e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  46.13 
 
 
396 aa  318  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  46.83 
 
 
391 aa  318  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  44.99 
 
 
390 aa  313  4.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  45.57 
 
 
395 aa  312  6.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  46.99 
 
 
390 aa  311  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  41.1 
 
 
389 aa  310  2.9999999999999997e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  44.47 
 
 
395 aa  310  2.9999999999999997e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  45.73 
 
 
398 aa  301  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  44.72 
 
 
386 aa  296  5e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  43.89 
 
 
399 aa  294  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  41.41 
 
 
390 aa  293  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  40.52 
 
 
390 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  46.7 
 
 
387 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  39.01 
 
 
393 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  35.24 
 
 
402 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  34.96 
 
 
402 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  32.38 
 
 
392 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 
392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  33.06 
 
 
395 aa  170  5e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
390 aa  168  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
395 aa  164  3e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  31.88 
 
 
410 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 
390 aa  162  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  31.18 
 
 
389 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 
397 aa  162  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
414 aa  162  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  30.96 
 
 
395 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
393 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  32.21 
 
 
395 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  30.5 
 
 
395 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
392 aa  157  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
387 aa  156  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  30.6 
 
 
395 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  30.53 
 
 
406 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
390 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 
392 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 
392 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 
387 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  30.65 
 
 
392 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  31.88 
 
 
394 aa  147  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
390 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  30.36 
 
 
395 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  29.86 
 
 
392 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
384 aa  136  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
400 aa  136  5e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  26.4 
 
 
397 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.12 
 
 
399 aa  136  6.0000000000000005e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 
390 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 
412 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.84 
 
 
376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
401 aa  131  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
426 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
423 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
399 aa  129  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  30.19 
 
 
406 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  30.34 
 
 
393 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
395 aa  126  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 
390 aa  126  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
390 aa  126  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
390 aa  126  8.000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
392 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
391 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
413 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 
391 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
391 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
413 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
390 aa  119  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
390 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
397 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
390 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  29.92 
 
 
390 aa  112  8.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
400 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
396 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  28.72 
 
 
392 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  29.65 
 
 
390 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
415 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
408 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
419 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  26.94 
 
 
415 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>