More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5444 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  100 
 
 		 406 aa  829    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  48.36 
 
 		 390 aa  325  7e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  44.78 
 
 		 388 aa  316  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  44.78 
 
 		 388 aa  316  4e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  44.62 
 
 		 395 aa  314  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  48.63 
 
 		 392 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  47.72 
 
 		 392 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  45.01 
 
 		 392 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  46.68 
 
 		 392 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  46.63 
 
 		 392 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  45.01 
 
 		 393 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  44.59 
 
 		 390 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  45.16 
 
 		 391 aa  299  5e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  44.17 
 
 		 391 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  40.65 
 
 		 397 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  40.6 
 
 		 390 aa  291  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  42.55 
 
 		 390 aa  290  3e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  42.09 
 
 		 390 aa  290  4e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  41.84 
 
 		 390 aa  287  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  41.56 
 
 		 390 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  41.73 
 
 		 391 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  41.05 
 
 		 390 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  41.1 
 
 		 390 aa  278  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  40.78 
 
 		 390 aa  276  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  39.65 
 
 		 392 aa  275  9e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  37.4 
 
 		 392 aa  238  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 368 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  33.87 
 
 		 395 aa  199  7e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  32.7 
 
 		 410 aa  163  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  30.83 
 
 		 413 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  32.78 
 
 		 402 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  31.82 
 
 		 402 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  31.92 
 
 		 407 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 		 395 aa  142  9e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  32.04 
 
 		 389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  31.62 
 
 		 390 aa  141  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  31.62 
 
 		 394 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 		 393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 		 414 aa  136  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 		 390 aa  136  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 		 387 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 		 389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  31.91 
 
 		 390 aa  132  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  30.67 
 
 		 406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  31.03 
 
 		 395 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  30.87 
 
 		 381 aa  129  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  31.15 
 
 		 392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 		 412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 		 391 aa  126  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  31.32 
 
 		 395 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 		 392 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 		 396 aa  125  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  31.27 
 
 		 392 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 395 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 		 389 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 		 391 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  29.9 
 
 		 395 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 		 397 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 		 388 aa  119  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 399 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 		 401 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 388 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 379 aa  116  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 395 aa  114  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 390 aa  113  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 		 401 aa  113  7.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  29.54 
 
 		 390 aa  113  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  29.57 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 		 389 aa  110  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 		 376 aa  109  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.6 
 
 		 399 aa  109  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 390 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 		 379 aa  107  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 390 aa  106  9e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  31.8 
 
 		 398 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 		 395 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  29.12 
 
 		 396 aa  102  9e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 426 aa  101  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 		 417 aa  100  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 389 aa  99.8  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 		 423 aa  98.2  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  26.22 
 
 		 412 aa  94  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 411 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 		 383 aa  93.2  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 386 aa  93.2  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 		 389 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 		 400 aa  91.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 407 aa  91.3  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 		 384 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 		 382 aa  89.4  9e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 425 aa  89.4  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 		 401 aa  87.8  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 		 419 aa  87.4  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 		 381 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.73 
 
 		 376 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 		 395 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 		 378 aa  84  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>