More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8566 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
411 aa  844    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  51.76 
 
 
417 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  31.97 
 
 
415 aa  209  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 
445 aa  209  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  32.38 
 
 
415 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  32.55 
 
 
432 aa  206  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 
419 aa  206  6e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 
398 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 
397 aa  160  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 
397 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  29.53 
 
 
391 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  28.72 
 
 
413 aa  149  8e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
398 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.87 
 
 
399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 
397 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  29.26 
 
 
404 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
402 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1190  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  29.37 
 
 
401 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  30.32 
 
 
451 aa  147  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  28.47 
 
 
402 aa  146  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.62 
 
 
392 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.42 
 
 
399 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.84 
 
 
407 aa  145  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.42 
 
 
399 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.42 
 
 
399 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
400 aa  145  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  29.68 
 
 
400 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
398 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  28.85 
 
 
402 aa  144  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  29.89 
 
 
401 aa  143  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.42 
 
 
399 aa  143  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.94 
 
 
402 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
399 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  30.55 
 
 
410 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
399 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.71 
 
 
400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.26 
 
 
401 aa  141  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  28.57 
 
 
398 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
392 aa  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
398 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.9 
 
 
397 aa  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.89 
 
 
399 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  28.76 
 
 
398 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.71 
 
 
400 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.61 
 
 
404 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
404 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.71 
 
 
400 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
398 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  28.57 
 
 
398 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 
395 aa  138  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
398 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  28.88 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  28.05 
 
 
413 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.53 
 
 
402 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4670  putative ABC transporter, substrate-binding protein  31.34 
 
 
403 aa  137  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  28.64 
 
 
407 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  28.64 
 
 
407 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.12 
 
 
401 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 
401 aa  135  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
404 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
400 aa  133  6e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.53 
 
 
403 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  29.88 
 
 
438 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
401 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
415 aa  131  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.15 
 
 
398 aa  130  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
404 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.39 
 
 
396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  28.94 
 
 
401 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  25.75 
 
 
410 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  29.08 
 
 
402 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
403 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  30.36 
 
 
411 aa  126  6e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0582  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  28.86 
 
 
407 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1298  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  29.92 
 
 
419 aa  126  9e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  28.99 
 
 
397 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  29.25 
 
 
417 aa  125  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  30.67 
 
 
401 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
415 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
402 aa  124  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
406 aa  123  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.65 
 
 
401 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
414 aa  122  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1820  Extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
404 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
413 aa  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
390 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2137  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  29.01 
 
 
404 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1194  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  28.06 
 
 
405 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27.64 
 
 
407 aa  120  4.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
384 aa  120  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3891  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
406 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.62 
 
 
399 aa  119  7.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>