More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0193 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
414 aa  836    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  45.15 
 
 
410 aa  339  5e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  36.11 
 
 
395 aa  236  5.0000000000000005e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  34.99 
 
 
412 aa  224  2e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  34.19 
 
 
387 aa  182  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  30.98 
 
 
396 aa  180  4e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  31.46 
 
 
413 aa  179  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 
390 aa  178  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  32.24 
 
 
392 aa  177  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 
389 aa  175  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
395 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  32.44 
 
 
390 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  32.64 
 
 
390 aa  169  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
390 aa  169  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  32.84 
 
 
392 aa  169  9e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
407 aa  168  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 
393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  31.74 
 
 
395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 
387 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  30.81 
 
 
402 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 
392 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
395 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
388 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
397 aa  160  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
395 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  30.92 
 
 
402 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  28.94 
 
 
390 aa  159  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  31.04 
 
 
389 aa  159  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  30.7 
 
 
393 aa  158  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  28.65 
 
 
406 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
388 aa  157  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
388 aa  157  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  32.09 
 
 
381 aa  157  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
391 aa  156  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
401 aa  156  8e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
395 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
399 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.57 
 
 
399 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  30.55 
 
 
390 aa  154  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
384 aa  154  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 
399 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  31.16 
 
 
395 aa  153  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
389 aa  152  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
388 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 
391 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  31.86 
 
 
394 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
392 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
391 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  28.95 
 
 
392 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 
398 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  26.95 
 
 
392 aa  142  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
400 aa  142  9e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
390 aa  142  9e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 
390 aa  142  9e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
401 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
397 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
379 aa  142  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
392 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
426 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  30.49 
 
 
396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  27.25 
 
 
392 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  28.57 
 
 
390 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
390 aa  139  7.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
395 aa  139  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
392 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 
417 aa  138  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  28.3 
 
 
390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
391 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
389 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.25 
 
 
397 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  29.06 
 
 
406 aa  130  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 
425 aa  129  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
389 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
396 aa  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
395 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 
386 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
390 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
396 aa  124  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
390 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
411 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
376 aa  119  7.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
413 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.52 
 
 
405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  25.52 
 
 
405 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
386 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  25.52 
 
 
405 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  27.4 
 
 
421 aa  117  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
417 aa  116  7.999999999999999e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>