More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4775 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  86.51 
 
 		 391 aa  680    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  100 
 
 		 393 aa  795    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  76.55 
 
 		 388 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  76.55 
 
 		 388 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  75.38 
 
 		 392 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  55.9 
 
 		 395 aa  437  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  58.29 
 
 		 390 aa  427  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  58.1 
 
 		 392 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  57.46 
 
 		 390 aa  418  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  57.18 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  53.95 
 
 		 397 aa  411  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  57.81 
 
 		 392 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  58.29 
 
 		 392 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  55.64 
 
 		 391 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  55.78 
 
 		 392 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  47.42 
 
 		 390 aa  346  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 		 390 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  45.36 
 
 		 390 aa  338  8e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  45.21 
 
 		 391 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  44.94 
 
 		 390 aa  333  2e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  44.42 
 
 		 390 aa  334  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  44.68 
 
 		 390 aa  331  2e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  44.11 
 
 		 390 aa  328  8e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  42.15 
 
 		 368 aa  321  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  44.76 
 
 		 392 aa  319  6e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  40.52 
 
 		 392 aa  302  5.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  45.01 
 
 		 406 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  34.51 
 
 		 395 aa  216  4e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  33.53 
 
 		 410 aa  170  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 		 395 aa  168  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  34.67 
 
 		 390 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  34.26 
 
 		 389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  35.34 
 
 		 390 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 414 aa  159  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 		 412 aa  154  2e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  31.74 
 
 		 402 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  31.64 
 
 		 402 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  30.65 
 
 		 406 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 		 392 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 		 387 aa  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 		 413 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  31.16 
 
 		 387 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  29.87 
 
 		 393 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 		 397 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 		 390 aa  138  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 		 401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 395 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 		 384 aa  132  7.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 		 396 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 		 390 aa  131  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 		 395 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  28.42 
 
 		 392 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 		 390 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  30.17 
 
 		 394 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 		 389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  28.8 
 
 		 395 aa  126  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 		 391 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 		 388 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  30.97 
 
 		 390 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 392 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 		 389 aa  116  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 		 423 aa  116  6e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 426 aa  116  6e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  30.34 
 
 		 381 aa  116  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 388 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.32 
 
 		 399 aa  113  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 		 405 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 		 401 aa  110  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  28.93 
 
 		 405 aa  110  6e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 		 389 aa  110  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.93 
 
 		 395 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 		 390 aa  109  8.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.93 
 
 		 405 aa  109  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  28.65 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.65 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.65 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 407 aa  108  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.65 
 
 		 405 aa  106  6e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 390 aa  106  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 399 aa  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.37 
 
 		 405 aa  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.37 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 		 376 aa  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 450 aa  102  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 390 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 		 379 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 		 389 aa  101  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  26.5 
 
 		 390 aa  100  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  25.42 
 
 		 418 aa  99.8  7e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 		 386 aa  99  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 391 aa  99.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 396 aa  99  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 400 aa  97.1  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 		 425 aa  96.7  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 		 389 aa  96.7  6e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 376 aa  96.3  8e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 		 379 aa  95.9  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>