More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0175 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  100 
 
 		 393 aa  803    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  43.6 
 
 		 390 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  36.81 
 
 		 391 aa  285  7e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  37.79 
 
 		 390 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  35.9 
 
 		 388 aa  271  1e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 		 386 aa  271  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  38.01 
 
 		 399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  37.47 
 
 		 390 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  33.93 
 
 		 388 aa  260  3e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  35.14 
 
 		 389 aa  259  8e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  36.15 
 
 		 389 aa  256  6e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  39.01 
 
 		 381 aa  255  9e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  38.89 
 
 		 379 aa  253  4.0000000000000004e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  37.5 
 
 		 389 aa  251  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  38.04 
 
 		 398 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  36.8 
 
 		 390 aa  246  4.9999999999999997e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  36.96 
 
 		 396 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  40.36 
 
 		 399 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  35.75 
 
 		 407 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  38.01 
 
 		 379 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  34.22 
 
 		 389 aa  239  6.999999999999999e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  33.94 
 
 		 389 aa  236  7e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  35.31 
 
 		 401 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  36.96 
 
 		 376 aa  233  6e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  35.95 
 
 		 391 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  34.53 
 
 		 390 aa  221  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 		 395 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  37.3 
 
 		 387 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  32.91 
 
 		 395 aa  216  8e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 		 390 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 		 392 aa  164  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  30.59 
 
 		 402 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 389 aa  157  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  29.78 
 
 		 402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 387 aa  149  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 		 395 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  28.21 
 
 		 406 aa  145  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 		 397 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 		 393 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  29.41 
 
 		 395 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 		 395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 		 395 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 390 aa  140  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 390 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 		 395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 		 387 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  25.74 
 
 		 392 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 		 394 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 392 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 410 aa  119  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 414 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 		 392 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 		 397 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  27.97 
 
 		 392 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 		 392 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 		 426 aa  104  3e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 423 aa  103  6e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 		 401 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 		 378 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 		 413 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  28.1 
 
 		 392 aa  100  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 377 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 		 391 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1110  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.64 
 
 		 134 aa  96.7  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 		 395 aa  96.7  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  26.22 
 
 		 443 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 419 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 390 aa  94.4  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.24 
 
 		 376 aa  92.8  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 413 aa  92.8  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 		 400 aa  92  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 396 aa  89.7  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.36 
 
 		 402 aa  89.7  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 391 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 		 390 aa  88.2  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 392 aa  88.6  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 415 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  25.53 
 
 		 406 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 438 aa  87.4  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 		 402 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.26 
 
 		 402 aa  87  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 		 390 aa  86.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  22.63 
 
 		 437 aa  86.7  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.16 
 
 		 399 aa  86.7  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 		 398 aa  86.3  9e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 		 420 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 402 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  27.18 
 
 		 413 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 403 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  26.51 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  24.28 
 
 		 412 aa  85.1  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 		 421 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 		 421 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.267805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>