More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4112 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
395 aa  806    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  64.14 
 
 
396 aa  504  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  63.61 
 
 
396 aa  498  1e-140  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
397 aa  179  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
384 aa  162  8.000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 
410 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  30.75 
 
 
381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
415 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
415 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 
412 aa  117  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
389 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
415 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
395 aa  116  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
413 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 
395 aa  116  8.999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.09 
 
 
402 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
415 aa  113  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 
432 aa  113  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  27.14 
 
 
390 aa  113  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
415 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 
395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  26.13 
 
 
406 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
388 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  27.24 
 
 
389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
417 aa  110  5e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
445 aa  110  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
388 aa  109  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
402 aa  110  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
419 aa  110  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
395 aa  109  8.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
401 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
401 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
389 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
415 aa  107  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
415 aa  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
413 aa  107  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
417 aa  107  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
399 aa  106  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
406 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
401 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 
395 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
437 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
408 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
411 aa  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
406 aa  104  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
393 aa  104  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
395 aa  103  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
395 aa  103  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  24.77 
 
 
402 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 
390 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
411 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  26.42 
 
 
396 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.3 
 
 
376 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
390 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
390 aa  100  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
395 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
405 aa  99.8  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2556  ABC transporter substrate-binding protein  26.01 
 
 
414 aa  99.8  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.565773 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
417 aa  99.8  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
395 aa  99.4  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
402 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
398 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
387 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
379 aa  99.4  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
407 aa  99  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
395 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.85 
 
 
398 aa  98.2  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
376 aa  98.2  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
396 aa  98.2  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.01 
 
 
417 aa  97.4  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
389 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 
397 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  24.17 
 
 
402 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.82 
 
 
396 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
398 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
390 aa  96.7  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  28.45 
 
 
412 aa  96.3  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
397 aa  96.3  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
400 aa  95.9  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
390 aa  95.9  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
394 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  27.47 
 
 
379 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
382 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
394 aa  93.6  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
387 aa  93.2  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26 
 
 
398 aa  93.2  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26 
 
 
398 aa  93.2  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26 
 
 
398 aa  93.2  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
394 aa  93.2  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  23.92 
 
 
415 aa  92.8  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
402 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0498  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.88 
 
 
416 aa  92.8  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1372  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.27 
 
 
404 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>