More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1376 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
415 aa  851    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  52.32 
 
 
416 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  33.93 
 
 
450 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  34.45 
 
 
450 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  34.19 
 
 
450 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  33.42 
 
 
450 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  33.42 
 
 
450 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  31.3 
 
 
448 aa  186  7e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  31.04 
 
 
451 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 
415 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  31.05 
 
 
450 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
415 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
413 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  32.24 
 
 
411 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  29.59 
 
 
452 aa  161  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  30.9 
 
 
438 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
415 aa  160  6e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
415 aa  160  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  32.12 
 
 
417 aa  151  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  29.7 
 
 
451 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.19 
 
 
415 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.25 
 
 
401 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
396 aa  143  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1749  ABC transporter substrate-binding protein  28.86 
 
 
442 aa  140  3e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239653  normal  0.31899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
417 aa  138  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  30.48 
 
 
399 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.48 
 
 
399 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
415 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  29.02 
 
 
410 aa  133  6e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.83 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
395 aa  126  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
384 aa  126  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
390 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 
401 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.15 
 
 
401 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
396 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.28 
 
 
401 aa  122  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.9 
 
 
397 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
402 aa  119  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  28.11 
 
 
407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 
401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  28.11 
 
 
407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.45 
 
 
397 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  27.84 
 
 
402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
419 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
411 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  27.62 
 
 
402 aa  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
397 aa  113  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.7 
 
 
391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  25.81 
 
 
404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.03 
 
 
395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  30.55 
 
 
415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
415 aa  111  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1758  leucine-binding protein  27.39 
 
 
425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0284515  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.32 
 
 
403 aa  109  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.77 
 
 
376 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 
417 aa  109  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
432 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 
406 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
397 aa  106  9e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
398 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
402 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.51 
 
 
396 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
397 aa  103  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
406 aa  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.89 
 
 
402 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
401 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.29 
 
 
403 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
402 aa  102  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.07 
 
 
402 aa  101  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 
402 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.82 
 
 
400 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.82 
 
 
400 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.84 
 
 
398 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
405 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.55 
 
 
400 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
445 aa  99.4  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.51 
 
 
400 aa  98.6  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
400 aa  98.6  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
401 aa  98.6  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
399 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.2 
 
 
398 aa  98.2  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.2 
 
 
398 aa  98.2  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.28 
 
 
402 aa  97.8  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.2 
 
 
398 aa  98.2  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.06 
 
 
392 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
395 aa  98.2  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
395 aa  98.2  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.2 
 
 
398 aa  97.4  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.2 
 
 
398 aa  97.4  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 
402 aa  97.4  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
400 aa  97.1  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1440  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
398 aa  97.1  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.615682  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 
404 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
399 aa  96.7  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 
411 aa  96.7  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.32 
 
 
399 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.32 
 
 
399 aa  95.5  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>