More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_3460 on replicon NC_009468
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  85.23 
 
 
417 aa  703    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
417 aa  863    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  52.02 
 
 
391 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  33.69 
 
 
419 aa  186  6e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  31.63 
 
 
415 aa  183  6e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  31.94 
 
 
445 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 
415 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
415 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  31.32 
 
 
432 aa  171  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 
415 aa  166  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.51 
 
 
396 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
415 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
415 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  29.72 
 
 
413 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  31.52 
 
 
410 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  30.42 
 
 
415 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 
384 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  29.98 
 
 
450 aa  162  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 
402 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 
415 aa  159  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  30.92 
 
 
417 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
390 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  29.22 
 
 
413 aa  157  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.04 
 
 
413 aa  156  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.92 
 
 
399 aa  155  9e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  31.28 
 
 
397 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
402 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.37 
 
 
402 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.92 
 
 
399 aa  154  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.24 
 
 
402 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.04 
 
 
392 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.35 
 
 
399 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
402 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
399 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.84 
 
 
401 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.09 
 
 
398 aa  150  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
399 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.08 
 
 
399 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.08 
 
 
399 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.09 
 
 
398 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.09 
 
 
398 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.83 
 
 
398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  28.83 
 
 
398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
400 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.83 
 
 
398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  29.43 
 
 
407 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  27.9 
 
 
402 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.94 
 
 
403 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  30.98 
 
 
401 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  29.26 
 
 
410 aa  147  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.25 
 
 
400 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 
397 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 
397 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
397 aa  146  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  28.64 
 
 
438 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.9 
 
 
401 aa  146  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  29.34 
 
 
411 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
400 aa  146  7.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  27.63 
 
 
417 aa  145  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  28.54 
 
 
404 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  28.53 
 
 
404 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.43 
 
 
401 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
411 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
399 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
404 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  30.49 
 
 
407 aa  144  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.52 
 
 
399 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.86 
 
 
401 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.54 
 
 
404 aa  144  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  31.39 
 
 
408 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  32.98 
 
 
409 aa  143  7e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
408 aa  142  9e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
395 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3779  putative ABC transporter, substrate binding protein  29.04 
 
 
408 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  28.97 
 
 
406 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.43 
 
 
400 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  29.16 
 
 
417 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
398 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
398 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  28.28 
 
 
412 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
410 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
406 aa  139  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  28.97 
 
 
397 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.43 
 
 
400 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  28.3 
 
 
407 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  28.3 
 
 
407 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  26.22 
 
 
415 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.43 
 
 
400 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  28.64 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  28.5 
 
 
413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
401 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  28.91 
 
 
397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.66 
 
 
392 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.55 
 
 
398 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5073  putative substrate-binding protein  27.76 
 
 
410 aa  137  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 
400 aa  137  5e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2930  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.6 
 
 
411 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
405 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>