More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2556 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2556  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
414 aa  830    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.565773 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  32.62 
 
 
400 aa  204  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 
390 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 
384 aa  127  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
415 aa  106  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
396 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 
410 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
411 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
413 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
396 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
415 aa  99.8  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
395 aa  99.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
417 aa  97.8  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
414 aa  96.3  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.24 
 
 
417 aa  96.3  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
415 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
415 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 
415 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
415 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.17 
 
 
376 aa  95.5  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
408 aa  94  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
391 aa  93.6  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  24.23 
 
 
413 aa  93.6  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
432 aa  92.8  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
402 aa  92.4  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  28.51 
 
 
419 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  26.18 
 
 
413 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
413 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
395 aa  90.5  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
397 aa  90.5  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.56 
 
 
392 aa  90.9  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
399 aa  89.7  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26 
 
 
399 aa  89.7  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0498  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.5 
 
 
416 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1372  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 
441 aa  87  5e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
402 aa  86.7  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 
445 aa  86.7  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.91 
 
 
404 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
396 aa  86.3  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
408 aa  85.5  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.26 
 
 
405 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
399 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
405 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.18 
 
 
402 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
404 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  25.57 
 
 
405 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  25 
 
 
405 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5957  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
409 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0908104  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.53 
 
 
397 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
389 aa  84.3  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.67 
 
 
389 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
402 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.36 
 
 
402 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
401 aa  83.2  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  25.78 
 
 
399 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
402 aa  83.2  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  25 
 
 
405 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
397 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
379 aa  82.8  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 
405 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
397 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  24.84 
 
 
395 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
406 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.74 
 
 
405 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
401 aa  81.6  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3891  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
406 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
406 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
417 aa  81.3  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 
417 aa  80.9  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
376 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.15 
 
 
419 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
388 aa  79.7  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.92 
 
 
395 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
394 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
406 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  24.94 
 
 
402 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 
391 aa  78.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.87 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.67 
 
 
399 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  26.82 
 
 
386 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
389 aa  78.2  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0357  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
408 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767142 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  24.7 
 
 
407 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 
390 aa  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  24.7 
 
 
407 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 
384 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.23 
 
 
405 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
411 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.88 
 
 
419 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4932  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
409 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350034  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.23 
 
 
405 aa  77  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
415 aa  77.4  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1677  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  26.14 
 
 
404 aa  77.4  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7539  putative ABC transporter (substrate binding protein)  27.21 
 
 
394 aa  77.4  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
402 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.87 
 
 
391 aa  76.6  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.23 
 
 
405 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3023  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  28.95 
 
 
406 aa  76.6  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.040363 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.69 
 
 
399 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>