More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0357 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0357  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
408 aa  837    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  51.98 
 
 
400 aa  404  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  51.72 
 
 
400 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  50.4 
 
 
398 aa  395  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  50.4 
 
 
398 aa  393  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  48.99 
 
 
402 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1377  ABC transporter substrate-binding protein  46.84 
 
 
404 aa  392  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  50.66 
 
 
404 aa  392  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  50 
 
 
401 aa  390  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  50.13 
 
 
412 aa  391  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.45 
 
 
402 aa  385  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  51.85 
 
 
397 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4670  putative ABC transporter, substrate-binding protein  47.64 
 
 
403 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  48.68 
 
 
415 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0275  putative ureA/short-chain amide ABC transporter  49.12 
 
 
401 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  48.03 
 
 
427 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  51.32 
 
 
397 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
400 aa  385  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  48.84 
 
 
402 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  51.15 
 
 
399 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  49.13 
 
 
402 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  50.81 
 
 
406 aa  384  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  50.53 
 
 
397 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5091  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  48.28 
 
 
416 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal  0.603773 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  48.53 
 
 
413 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  47.97 
 
 
398 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2137  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  48.66 
 
 
404 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5117  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  49.26 
 
 
404 aa  381  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  50.53 
 
 
397 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
397 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  47.03 
 
 
406 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.84 
 
 
402 aa  381  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1677  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  48.66 
 
 
404 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  51.19 
 
 
398 aa  381  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7539  putative ABC transporter (substrate binding protein)  50.26 
 
 
394 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  51.19 
 
 
398 aa  381  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  49.73 
 
 
399 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1820  Extracellular ligand-binding receptor  48.4 
 
 
404 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  48.68 
 
 
398 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  48.68 
 
 
398 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.68 
 
 
398 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0554  ureA/short-chain amide ABC transporter  48.94 
 
 
402 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.930825  normal  0.0786148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  47.42 
 
 
405 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  46.82 
 
 
397 aa  377  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  47.76 
 
 
404 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  48.02 
 
 
403 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  49.73 
 
 
399 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.68 
 
 
398 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  50.13 
 
 
395 aa  376  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3789  Leu/Ile/Val-binding family protein  47.9 
 
 
409 aa  377  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.710609 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.68 
 
 
398 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.93 
 
 
401 aa  376  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  48.93 
 
 
401 aa  376  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  48.66 
 
 
401 aa  374  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3122  Extracellular ligand-binding receptor  47.38 
 
 
419 aa  372  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  48.52 
 
 
403 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3783  ABC transporter substrate-binding protein  50 
 
 
405 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0486  substrate-binding protein  49.33 
 
 
401 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.68 
 
 
392 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.4 
 
 
399 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.4 
 
 
399 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  48.37 
 
 
420 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0182  extracellular ligand-binding receptor  46.31 
 
 
413 aa  371  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.13 
 
 
399 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  49.06 
 
 
401 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.23 
 
 
404 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  46.23 
 
 
404 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.66 
 
 
399 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.66 
 
 
399 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5957  extracellular ligand-binding receptor  44.94 
 
 
409 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0908104  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  49.06 
 
 
401 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  47.61 
 
 
403 aa  368  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  46.68 
 
 
404 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  46.04 
 
 
417 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  49.06 
 
 
401 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  46.6 
 
 
406 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4932  extracellular ligand-binding receptor  46.7 
 
 
409 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350034  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4079  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  47.09 
 
 
405 aa  365  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23084  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3023  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  51.87 
 
 
406 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.040363 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  46.13 
 
 
407 aa  364  1e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6215  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  49.87 
 
 
403 aa  362  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  47.58 
 
 
400 aa  361  1e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  47.85 
 
 
400 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3891  extracellular ligand-binding receptor  46.79 
 
 
406 aa  360  3e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0329  putative ABC transport protein substrate-binding component  48.13 
 
 
405 aa  358  9e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.42175  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  47.06 
 
 
400 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  46.77 
 
 
400 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  47.45 
 
 
408 aa  356  5e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  48.44 
 
 
402 aa  355  7.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  47.68 
 
 
409 aa  354  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  46.92 
 
 
413 aa  354  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6351  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  46.79 
 
 
403 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3877  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  44.75 
 
 
406 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.188449  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  44.36 
 
 
404 aa  351  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  46.38 
 
 
399 aa  349  4e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  46.52 
 
 
406 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  47.09 
 
 
401 aa  345  8.999999999999999e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.3 
 
 
396 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1473  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  44.95 
 
 
406 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.267716  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  44.1 
 
 
409 aa  341  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>