More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1052 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
417 aa  860    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  85.23 
 
 
417 aa  720    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  51.76 
 
 
391 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  34.02 
 
 
415 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  34.32 
 
 
419 aa  189  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  33.08 
 
 
415 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  33.02 
 
 
445 aa  186  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  32.71 
 
 
432 aa  180  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
415 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
415 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
415 aa  170  5e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
415 aa  170  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  36.8 
 
 
413 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  34.5 
 
 
390 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.03 
 
 
415 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 
384 aa  163  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  30.54 
 
 
413 aa  162  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
413 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.35 
 
 
396 aa  159  7e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.4 
 
 
392 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
417 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  32.89 
 
 
410 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  29.82 
 
 
411 aa  156  6e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
402 aa  155  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.66 
 
 
399 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  30.79 
 
 
398 aa  155  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  30.1 
 
 
398 aa  154  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.66 
 
 
399 aa  154  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.1 
 
 
398 aa  154  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  28.23 
 
 
417 aa  152  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.4 
 
 
399 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.27 
 
 
398 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.27 
 
 
398 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.27 
 
 
398 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  28.95 
 
 
450 aa  151  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
411 aa  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.13 
 
 
399 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.13 
 
 
399 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 
415 aa  150  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
402 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
404 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.75 
 
 
403 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  30.29 
 
 
410 aa  149  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.24 
 
 
402 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.72 
 
 
402 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  30.91 
 
 
401 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
402 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  27.9 
 
 
402 aa  145  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
404 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
397 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  28.04 
 
 
404 aa  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  28 
 
 
438 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.76 
 
 
404 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.95 
 
 
399 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  31.22 
 
 
407 aa  144  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 
399 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
397 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
411 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 
398 aa  143  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  31.11 
 
 
397 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
397 aa  142  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
400 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.55 
 
 
401 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
398 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.53 
 
 
400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.02 
 
 
401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  29.03 
 
 
407 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  30.75 
 
 
404 aa  139  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  29.4 
 
 
399 aa  139  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
400 aa  139  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  29.13 
 
 
395 aa  139  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.78 
 
 
400 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  29.87 
 
 
397 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
401 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  28.21 
 
 
399 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
395 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3779  putative ABC transporter, substrate binding protein  28.68 
 
 
408 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
410 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.78 
 
 
400 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.35 
 
 
392 aa  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.75 
 
 
401 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.36 
 
 
398 aa  137  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
409 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5073  putative substrate-binding protein  27.4 
 
 
410 aa  135  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.33 
 
 
401 aa  135  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.78 
 
 
400 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
408 aa  135  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
401 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
403 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  28.23 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  28.23 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  28.57 
 
 
401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  28.91 
 
 
397 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  26.79 
 
 
415 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
401 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>