More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0498 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0498  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
416 aa  848    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1372  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
390 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
395 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
396 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 
396 aa  111  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
411 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  25.2 
 
 
390 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
384 aa  102  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
379 aa  101  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
414 aa  101  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
402 aa  99.8  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
402 aa  99  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  26.25 
 
 
463 aa  97.8  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
412 aa  97.8  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.84 
 
 
397 aa  97.1  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
421 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
417 aa  94.4  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  24.69 
 
 
415 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  24.69 
 
 
415 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
399 aa  92.8  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
421 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
421 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  27.9 
 
 
388 aa  90.5  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  27.9 
 
 
388 aa  90.5  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.1 
 
 
400 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.37 
 
 
400 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
389 aa  89.7  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2556  ABC transporter substrate-binding protein  24.5 
 
 
414 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.565773 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.27 
 
 
376 aa  89.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 
405 aa  89  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.1 
 
 
400 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
395 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 
415 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  23.97 
 
 
415 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  26.78 
 
 
405 aa  88.2  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.78 
 
 
405 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.78 
 
 
395 aa  88.2  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.78 
 
 
405 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.07 
 
 
405 aa  88.2  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.5 
 
 
405 aa  87.4  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  26.27 
 
 
392 aa  87  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
376 aa  87  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
400 aa  87  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.78 
 
 
405 aa  87  6e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  26.28 
 
 
393 aa  86.7  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  26.78 
 
 
405 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  24.83 
 
 
392 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.64 
 
 
401 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
395 aa  85.5  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
417 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 
413 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1749  ABC transporter substrate-binding protein  25.14 
 
 
442 aa  84.3  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239653  normal  0.31899 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  24.16 
 
 
391 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  27.33 
 
 
450 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  27.02 
 
 
450 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
407 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  24.11 
 
 
392 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 
391 aa  83.2  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  27.33 
 
 
450 aa  83.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1214  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
380 aa  82.8  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.5 
 
 
405 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  25.81 
 
 
450 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.85 
 
 
392 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.8 
 
 
399 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
415 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
391 aa  82  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  23.51 
 
 
407 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  23.51 
 
 
407 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
399 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  27.25 
 
 
381 aa  80.9  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
383 aa  81.6  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  27.02 
 
 
450 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
394 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  23.51 
 
 
402 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
432 aa  80.1  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  23.05 
 
 
413 aa  79.7  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
392 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.17 
 
 
401 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
411 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  27.74 
 
 
392 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
394 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
393 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
445 aa  79.7  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
388 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
400 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
384 aa  78.2  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.93 
 
 
396 aa  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
410 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  24.52 
 
 
392 aa  77.4  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 
391 aa  77  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
389 aa  77.4  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 
392 aa  77  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
398 aa  77  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
470 aa  77  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  23.48 
 
 
415 aa  76.6  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
389 aa  76.6  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  25.24 
 
 
390 aa  76.3  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
392 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.98 
 
 
397 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>