More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2811 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
450 aa  930    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  48.05 
 
 
451 aa  422  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  49.16 
 
 
438 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  39.64 
 
 
450 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  39.33 
 
 
450 aa  292  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  39.55 
 
 
450 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  39.1 
 
 
450 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  39.33 
 
 
450 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  35.73 
 
 
451 aa  273  6e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  36.99 
 
 
448 aa  271  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  34.1 
 
 
452 aa  263  4e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  30.07 
 
 
415 aa  177  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  31.39 
 
 
411 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
415 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
415 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 
415 aa  172  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
413 aa  163  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
415 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
417 aa  160  4e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.37 
 
 
415 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 
417 aa  152  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
416 aa  150  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.98 
 
 
401 aa  144  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.51 
 
 
445 aa  137  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.46 
 
 
401 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
401 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.63 
 
 
392 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.82 
 
 
401 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.1 
 
 
403 aa  133  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.21 
 
 
403 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.07 
 
 
397 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  30.38 
 
 
391 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  26.82 
 
 
402 aa  130  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1749  ABC transporter substrate-binding protein  26.39 
 
 
442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239653  normal  0.31899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.63 
 
 
396 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.07 
 
 
401 aa  127  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
432 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
402 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  24.63 
 
 
406 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
402 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.87 
 
 
402 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
399 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.98 
 
 
399 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
415 aa  123  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.8 
 
 
407 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
415 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 
402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  25.44 
 
 
407 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.44 
 
 
407 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
401 aa  121  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  25.64 
 
 
410 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
384 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
398 aa  119  9e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.19 
 
 
402 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 
411 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  25.19 
 
 
417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  26.44 
 
 
399 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
400 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.45 
 
 
400 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
419 aa  117  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.82 
 
 
402 aa  117  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.87 
 
 
400 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
396 aa  113  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.29 
 
 
400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2137  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  27.86 
 
 
404 aa  111  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.29 
 
 
400 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  25.69 
 
 
401 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1820  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.44 
 
 
397 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  25.57 
 
 
401 aa  110  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  23.53 
 
 
411 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481667  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 
406 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.44 
 
 
401 aa  109  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  23.37 
 
 
413 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.94 
 
 
401 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
397 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
397 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  24.26 
 
 
399 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
382 aa  107  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
406 aa  107  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  23.69 
 
 
401 aa  106  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
411 aa  106  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 
403 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
400 aa  106  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
401 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
405 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  25.57 
 
 
395 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
390 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
417 aa  105  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  25.62 
 
 
397 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  25.45 
 
 
413 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.25 
 
 
396 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  22.73 
 
 
410 aa  104  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  24.28 
 
 
404 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  23.44 
 
 
404 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0582  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.19 
 
 
407 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  25.5 
 
 
397 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3282  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
408 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>