More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4272 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 
403 aa  821    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  72.57 
 
 
401 aa  595  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  69.74 
 
 
392 aa  568  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  67.08 
 
 
401 aa  559  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  66.58 
 
 
401 aa  556  1e-157  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  65.09 
 
 
401 aa  556  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  66.33 
 
 
407 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  66.33 
 
 
407 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  65.84 
 
 
402 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  65.75 
 
 
399 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  65.75 
 
 
399 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  65.09 
 
 
402 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  66.5 
 
 
397 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  67.29 
 
 
401 aa  533  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.39 
 
 
400 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  56.14 
 
 
400 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.14 
 
 
400 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  55.44 
 
 
396 aa  449  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7652  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.93 
 
 
289 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  27.98 
 
 
450 aa  132  9e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  27.46 
 
 
451 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
384 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  28.68 
 
 
417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
411 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.74 
 
 
415 aa  126  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 
397 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
445 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
415 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  32.76 
 
 
408 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  27.53 
 
 
411 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.45 
 
 
438 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  26.15 
 
 
410 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.29 
 
 
415 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
432 aa  121  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
390 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
415 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
417 aa  116  7.999999999999999e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
411 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
413 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  28.29 
 
 
391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27.85 
 
 
407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
402 aa  111  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
409 aa  110  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
415 aa  110  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
400 aa  110  6e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  25.93 
 
 
413 aa  110  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.33 
 
 
396 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
402 aa  109  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
397 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
408 aa  108  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  28.83 
 
 
413 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.55 
 
 
407 aa  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  24.6 
 
 
403 aa  106  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
415 aa  106  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
415 aa  106  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.33 
 
 
402 aa  106  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  27.01 
 
 
451 aa  106  7e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
397 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  26.08 
 
 
417 aa  106  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
419 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.26 
 
 
401 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.5 
 
 
402 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3615  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  27.08 
 
 
404 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.489489  normal  0.574773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
404 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  25.25 
 
 
399 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
402 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  24.87 
 
 
406 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
397 aa  103  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  25.25 
 
 
401 aa  102  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  26.32 
 
 
400 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 
401 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  24.13 
 
 
398 aa  102  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
397 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1190  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  25.78 
 
 
401 aa  102  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  26.32 
 
 
400 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  25.4 
 
 
400 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2460  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  25.67 
 
 
407 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.187515 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
404 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.61 
 
 
404 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3282  Extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
408 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100489  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  26.42 
 
 
397 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
400 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
417 aa  100  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2475  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.68 
 
 
405 aa  100  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0969  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  27.32 
 
 
405 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.61 
 
 
398 aa  99.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  24.94 
 
 
395 aa  99  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  25.2 
 
 
399 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.61 
 
 
398 aa  99.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
405 aa  99.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.61 
 
 
398 aa  99.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  25.12 
 
 
450 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  26.16 
 
 
448 aa  99.4  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.61 
 
 
392 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.61 
 
 
398 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  25.18 
 
 
404 aa  98.2  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.61 
 
 
398 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  26.05 
 
 
450 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>