More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1511 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  73.23 
 
 
452 aa  696    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  86.92 
 
 
451 aa  813    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
448 aa  925    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  67.43 
 
 
450 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  68.26 
 
 
450 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  67.88 
 
 
450 aa  617  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  67.88 
 
 
450 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  67.65 
 
 
450 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  36.96 
 
 
450 aa  261  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  35.73 
 
 
451 aa  232  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  33.1 
 
 
438 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  32.32 
 
 
416 aa  183  6e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 
415 aa  178  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
415 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1749  ABC transporter substrate-binding protein  28.84 
 
 
442 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239653  normal  0.31899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
415 aa  152  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
415 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
415 aa  152  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.27 
 
 
415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1758  leucine-binding protein  28.94 
 
 
425 aa  143  5e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0284515  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
411 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
413 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.51 
 
 
445 aa  124  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.41 
 
 
401 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
397 aa  120  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.29 
 
 
403 aa  119  9e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
408 aa  119  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  27.92 
 
 
401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
406 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  27.21 
 
 
413 aa  117  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  28.76 
 
 
399 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
384 aa  117  5e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.82 
 
 
397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  28.03 
 
 
413 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
397 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
397 aa  114  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  27.75 
 
 
397 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  26.04 
 
 
410 aa  113  7.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.42 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
398 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.21 
 
 
400 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.96 
 
 
400 aa  110  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
402 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  27.95 
 
 
415 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
398 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  27.68 
 
 
395 aa  109  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
397 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 
400 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
398 aa  109  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.26 
 
 
407 aa  108  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.3 
 
 
400 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  27.52 
 
 
401 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.81 
 
 
396 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  25.62 
 
 
417 aa  108  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  27.78 
 
 
400 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.84 
 
 
396 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 
417 aa  107  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  25.69 
 
 
402 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  27.37 
 
 
410 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.29 
 
 
399 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
402 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
403 aa  107  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
399 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  27.3 
 
 
397 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.05 
 
 
400 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
415 aa  106  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
402 aa  106  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.34 
 
 
391 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.69 
 
 
401 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.88 
 
 
402 aa  106  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  26.62 
 
 
411 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
415 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  27.94 
 
 
406 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.44 
 
 
401 aa  104  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  26.6 
 
 
413 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  25.95 
 
 
404 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
400 aa  103  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
396 aa  103  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
419 aa  103  9e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
432 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  24.75 
 
 
402 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1190  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  25.13 
 
 
401 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1339  ABC transporter substrate binding protein  27.96 
 
 
412 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358784  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.97 
 
 
392 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
384 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.48 
 
 
400 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2450  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  29.52 
 
 
408 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.045034  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  27.84 
 
 
409 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  27.06 
 
 
417 aa  101  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3503  putative ABC transporter, substrate binding protein  28.72 
 
 
408 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1440  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
398 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.615682  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3282  Extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 
408 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100489  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0969  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  27.3 
 
 
405 aa  100  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
400 aa  100  6e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3229  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  27.46 
 
 
412 aa  100  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3891  extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
406 aa  100  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.76 
 
 
396 aa  99.8  8e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>