More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1803 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  100 
 
 
417 aa  861    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  93.19 
 
 
411 aa  773    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  61.61 
 
 
410 aa  501  1e-140  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  51.72 
 
 
407 aa  389  1e-107  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  42.64 
 
 
401 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  41.88 
 
 
401 aa  307  3e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  41.86 
 
 
401 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  40.69 
 
 
402 aa  302  7.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  40.91 
 
 
407 aa  300  2e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1377  ABC transporter substrate-binding protein  42.18 
 
 
404 aa  300  4e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.15 
 
 
402 aa  298  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.24 
 
 
399 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  42.97 
 
 
399 aa  296  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  40.41 
 
 
399 aa  296  5e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  40.41 
 
 
402 aa  295  9e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.97 
 
 
399 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.7 
 
 
399 aa  295  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3789  Leu/Ile/Val-binding family protein  39.23 
 
 
409 aa  295  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.710609 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  40.41 
 
 
401 aa  295  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  39.66 
 
 
402 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  42.4 
 
 
403 aa  294  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  42.7 
 
 
399 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.7 
 
 
399 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.7 
 
 
399 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  41.05 
 
 
395 aa  292  6e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.78 
 
 
398 aa  293  6e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  41.78 
 
 
398 aa  293  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.78 
 
 
398 aa  293  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  41.32 
 
 
400 aa  292  8e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  41.78 
 
 
398 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.78 
 
 
398 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.78 
 
 
392 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  39.64 
 
 
417 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  41.21 
 
 
400 aa  290  5.0000000000000004e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  41.3 
 
 
404 aa  289  8e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  40.79 
 
 
400 aa  288  9e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  41.78 
 
 
398 aa  288  1e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  40.79 
 
 
400 aa  288  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  40.79 
 
 
400 aa  288  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  39.9 
 
 
420 aa  286  4e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  41.51 
 
 
404 aa  286  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.64 
 
 
401 aa  286  5.999999999999999e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  39.64 
 
 
401 aa  286  7e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  40.41 
 
 
400 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  40.96 
 
 
402 aa  285  8e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6215  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  39.33 
 
 
403 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.52 
 
 
404 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  39.79 
 
 
406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  39.48 
 
 
403 aa  284  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  41.62 
 
 
400 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.68 
 
 
396 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  40.69 
 
 
413 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  41.07 
 
 
405 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  41.4 
 
 
404 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  40.16 
 
 
399 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  42.3 
 
 
401 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  39.68 
 
 
401 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  38.74 
 
 
401 aa  280  4e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  38.04 
 
 
404 aa  279  6e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2137  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  40.85 
 
 
404 aa  279  7e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  40.53 
 
 
397 aa  279  7e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  39.37 
 
 
412 aa  279  8e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4079  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  39.37 
 
 
405 aa  278  9e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23084  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  39.65 
 
 
404 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1820  Extracellular ligand-binding receptor  40.58 
 
 
404 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  39.74 
 
 
397 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  39.21 
 
 
398 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  38.68 
 
 
398 aa  275  8e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 
409 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  38.85 
 
 
413 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  41.36 
 
 
401 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  39.21 
 
 
397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  40.31 
 
 
397 aa  273  3e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  39.01 
 
 
400 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4450  Extracellular ligand-binding receptor  41.36 
 
 
401 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.378958  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1677  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  40.32 
 
 
404 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  40.31 
 
 
402 aa  272  8.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  40.27 
 
 
408 aa  271  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  39.69 
 
 
403 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5073  putative substrate-binding protein  40.96 
 
 
410 aa  271  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0329  putative ABC transport protein substrate-binding component  39.43 
 
 
405 aa  270  5e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.42175  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6432  extracellular ligand-binding receptor  40.26 
 
 
407 aa  269  8e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00470186  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  37.14 
 
 
406 aa  268  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  38.63 
 
 
398 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  39.19 
 
 
398 aa  268  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0182  extracellular ligand-binding receptor  37.47 
 
 
413 aa  266  5e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3279  Extracellular ligand-binding receptor  39.11 
 
 
400 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.463071  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4932  extracellular ligand-binding receptor  37.73 
 
 
409 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350034  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  38.22 
 
 
406 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5957  extracellular ligand-binding receptor  38.61 
 
 
409 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0908104  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1298  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  38.34 
 
 
419 aa  264  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  40.11 
 
 
397 aa  265  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0807  extracellular ligand-binding receptor  37.8 
 
 
402 aa  263  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  37.57 
 
 
403 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6351  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  37.24 
 
 
403 aa  262  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3122  Extracellular ligand-binding receptor  37.53 
 
 
419 aa  261  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2526  ABC transporter substrate-binding protein  41.02 
 
 
411 aa  261  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.779779  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4449  Extracellular ligand-binding receptor  39.79 
 
 
416 aa  260  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29774  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1194  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  39.14 
 
 
405 aa  259  7e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  37.67 
 
 
406 aa  259  7e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>