More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_2030 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  100 
 
 
407 aa  838    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  58.31 
 
 
410 aa  476  1e-133  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  51.99 
 
 
411 aa  396  1e-109  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  51.72 
 
 
417 aa  389  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1377  ABC transporter substrate-binding protein  43.41 
 
 
404 aa  329  7e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  44.65 
 
 
403 aa  323  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3122  Extracellular ligand-binding receptor  42 
 
 
419 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4079  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  42.71 
 
 
405 aa  306  5.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23084  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1820  Extracellular ligand-binding receptor  44.27 
 
 
404 aa  305  9.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  41.62 
 
 
401 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2137  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  44.27 
 
 
404 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  40.84 
 
 
407 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  41.18 
 
 
408 aa  301  1e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6432  extracellular ligand-binding receptor  44.01 
 
 
407 aa  300  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00470186  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  40.8 
 
 
404 aa  300  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  41.42 
 
 
413 aa  298  8e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  41.28 
 
 
402 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1677  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  43.49 
 
 
404 aa  297  2e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.3 
 
 
404 aa  296  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  41.73 
 
 
402 aa  296  6e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  41.6 
 
 
404 aa  295  8e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.73 
 
 
402 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  40.42 
 
 
412 aa  295  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  40.94 
 
 
400 aa  293  3e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  40.44 
 
 
398 aa  293  4e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  40.36 
 
 
404 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  44.44 
 
 
409 aa  292  6e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  41.73 
 
 
413 aa  292  7e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  41.81 
 
 
405 aa  292  7e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3229  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  44.27 
 
 
412 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4932  extracellular ligand-binding receptor  40.73 
 
 
409 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350034  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.46 
 
 
392 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  40.96 
 
 
398 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.96 
 
 
398 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  41.15 
 
 
401 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.46 
 
 
402 aa  289  7e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  40.69 
 
 
398 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.69 
 
 
398 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.69 
 
 
398 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.95 
 
 
399 aa  287  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  39.46 
 
 
403 aa  288  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  41.22 
 
 
400 aa  287  2e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0329  putative ABC transport protein substrate-binding component  42.64 
 
 
405 aa  288  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.42175  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  41.9 
 
 
401 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  41.03 
 
 
417 aa  286  4e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.95 
 
 
399 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5957  extracellular ligand-binding receptor  40.3 
 
 
409 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0908104  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4450  Extracellular ligand-binding receptor  43.5 
 
 
401 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.378958  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  41.48 
 
 
401 aa  286  7e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  40.84 
 
 
420 aa  285  8e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.95 
 
 
399 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.95 
 
 
399 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0182  extracellular ligand-binding receptor  40.1 
 
 
413 aa  285  9e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  42.97 
 
 
401 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  40.63 
 
 
406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  40.35 
 
 
402 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  39.95 
 
 
399 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  39.95 
 
 
399 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.42 
 
 
399 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1194  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  42.04 
 
 
405 aa  281  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2475  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  39.71 
 
 
405 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0807  extracellular ligand-binding receptor  39.14 
 
 
402 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5117  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  41.44 
 
 
404 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0554  ureA/short-chain amide ABC transporter  40.16 
 
 
402 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.930825  normal  0.0786148 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6215  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  40.41 
 
 
403 aa  280  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  39.85 
 
 
402 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  40.1 
 
 
406 aa  277  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1298  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  41.67 
 
 
419 aa  276  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  39.46 
 
 
403 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3849  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  41.13 
 
 
392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.375619  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  39.53 
 
 
400 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3789  Leu/Ile/Val-binding family protein  39.15 
 
 
409 aa  273  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.710609 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  38.97 
 
 
400 aa  274  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3279  Extracellular ligand-binding receptor  40.96 
 
 
400 aa  274  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.463071  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  38.6 
 
 
401 aa  273  4.0000000000000004e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.11 
 
 
401 aa  273  4.0000000000000004e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  38.97 
 
 
400 aa  273  6e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  39.8 
 
 
406 aa  272  7e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  37.96 
 
 
406 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4670  putative ABC transporter, substrate-binding protein  39.4 
 
 
403 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  39.01 
 
 
400 aa  270  4e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  38.08 
 
 
401 aa  269  5e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  40.94 
 
 
415 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 
404 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0275  putative ureA/short-chain amide ABC transporter  37.53 
 
 
401 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  40.26 
 
 
427 aa  269  8e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  39 
 
 
399 aa  268  8.999999999999999e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4449  Extracellular ligand-binding receptor  39.52 
 
 
416 aa  268  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29774  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  38.32 
 
 
400 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.84 
 
 
396 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0486  substrate-binding protein  38.67 
 
 
401 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  38.57 
 
 
403 aa  266  7e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7539  putative ABC transporter (substrate binding protein)  37.24 
 
 
394 aa  265  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  40.05 
 
 
400 aa  265  8.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  37.66 
 
 
395 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  39.15 
 
 
402 aa  264  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3023  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  40.29 
 
 
406 aa  264  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.040363 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  39.16 
 
 
401 aa  264  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  41.64 
 
 
401 aa  263  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  38.77 
 
 
398 aa  263  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>