More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0048 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  100 
 
 
410 aa  837    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
445 aa  172  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 
417 aa  157  4e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 
415 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
415 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  32.43 
 
 
417 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
419 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
432 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.92 
 
 
392 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
415 aa  138  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  27.65 
 
 
413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.95 
 
 
398 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.97 
 
 
398 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.97 
 
 
398 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.97 
 
 
398 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.97 
 
 
398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.97 
 
 
398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
411 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.3 
 
 
399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 
411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  27.82 
 
 
391 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.76 
 
 
399 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.03 
 
 
399 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 
404 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.76 
 
 
399 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.76 
 
 
399 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.64 
 
 
404 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.68 
 
 
451 aa  127  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
399 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  27.41 
 
 
413 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
399 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
400 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
413 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.66 
 
 
415 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.25 
 
 
400 aa  124  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.84 
 
 
402 aa  123  7e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.11 
 
 
402 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
404 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
417 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
398 aa  121  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  25.18 
 
 
398 aa  120  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.88 
 
 
403 aa  120  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  28.61 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
402 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
401 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
402 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
411 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0275  putative ureA/short-chain amide ABC transporter  27.32 
 
 
401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  27.74 
 
 
412 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 
384 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
390 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.1 
 
 
402 aa  117  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  25.85 
 
 
450 aa  116  6e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
402 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  27.29 
 
 
450 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  28.04 
 
 
450 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
397 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0357  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
408 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767142 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  28.46 
 
 
450 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0486  substrate-binding protein  27.84 
 
 
401 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1440  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
398 aa  112  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.615682  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  26.33 
 
 
413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.93 
 
 
399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  28.12 
 
 
409 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  27.83 
 
 
448 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
397 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  25.95 
 
 
395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  27.95 
 
 
450 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.68 
 
 
407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0554  ureA/short-chain amide ABC transporter  27.06 
 
 
402 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.930825  normal  0.0786148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  27.79 
 
 
450 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
395 aa  110  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.52 
 
 
396 aa  110  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
398 aa  110  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  24.26 
 
 
438 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 
405 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3122  Extracellular ligand-binding receptor  26.62 
 
 
419 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
395 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7539  putative ABC transporter (substrate binding protein)  27.7 
 
 
394 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
402 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
397 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 
406 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  24.48 
 
 
401 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2475  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.82 
 
 
405 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
400 aa  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
408 aa  105  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4670  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.78 
 
 
403 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  26.99 
 
 
451 aa  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
398 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  30.48 
 
 
412 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
411 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  28.82 
 
 
395 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  23.93 
 
 
404 aa  103  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>