More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4994 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 400 aa  815    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2556  ABC transporter substrate-binding protein  32.33 
 
 		 414 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.565773 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  30.41 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  32.31 
 
 		 408 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 		 415 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 415 aa  119  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 		 415 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 		 384 aa  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 		 406 aa  116  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 		 417 aa  116  6.9999999999999995e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  28.65 
 
 		 451 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  29.83 
 
 		 381 aa  113  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 		 390 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 410 aa  112  9e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 		 406 aa  111  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 395 aa  110  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.05 
 
 		 417 aa  110  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  28.17 
 
 		 413 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 		 411 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 		 376 aa  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 		 396 aa  106  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 		 388 aa  106  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 445 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 379 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 		 396 aa  102  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 405 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  28.22 
 
 		 438 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 		 401 aa  101  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.54 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 411 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 401 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.3 
 
 		 402 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  25.56 
 
 		 450 aa  99.8  8e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 		 395 aa  99.8  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 		 395 aa  99  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 		 399 aa  99  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 412 aa  99  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 402 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 399 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.76 
 
 		 399 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 404 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 		 389 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 389 aa  97.8  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 		 402 aa  97.4  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 		 404 aa  96.7  7e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 390 aa  96.3  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.82 
 
 		 404 aa  96.3  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 395 aa  96.3  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.2 
 
 		 392 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 		 372 aa  94.7  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  25.24 
 
 		 411 aa  94.4  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 		 390 aa  94.4  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 406 aa  94  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6073  Extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 426 aa  93.6  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 415 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 432 aa  93.6  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  25.51 
 
 		 421 aa  92.8  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  27.53 
 
 		 413 aa  92.4  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2894  Extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 421 aa  92  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  26.05 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 422 aa  91.3  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 		 398 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  26.56 
 
 		 390 aa  91.3  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 		 415 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 		 414 aa  91.3  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 390 aa  90.9  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 402 aa  90.5  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 		 420 aa  90.5  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.26 
 
 		 391 aa  89.7  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 413 aa  89  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 		 395 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  25.64 
 
 		 406 aa  89  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 415 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 437 aa  89  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 415 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 415 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 399 aa  87.8  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 388 aa  88.2  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 		 416 aa  87.8  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1190  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 401 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 395 aa  87.8  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 		 402 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 405 aa  87  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 389 aa  86.7  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0498  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.51 
 
 		 416 aa  86.7  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 		 401 aa  86.7  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 		 392 aa  86.3  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.17 
 
 		 415 aa  86.3  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 392 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  23.88 
 
 		 391 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.36 
 
 		 405 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.08 
 
 		 396 aa  85.5  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 		 401 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.75 
 
 		 391 aa  84.7  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>