More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6073 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6073  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 426 aa  893    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2721  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.2 
 
 		 426 aa  193  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.368062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1291  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.22 
 
 		 426 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.22 
 
 		 426 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 		 390 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 		 408 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 		 384 aa  99.4  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  22.31 
 
 		 397 aa  99  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  24.85 
 
 		 391 aa  97.8  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 396 aa  96.7  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 		 410 aa  95.5  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 		 445 aa  95.1  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 400 aa  93.6  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 		 396 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 		 390 aa  90.1  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 		 395 aa  88.6  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  28.86 
 
 		 407 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 		 395 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 		 395 aa  88.2  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 		 373 aa  87.8  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  27.16 
 
 		 407 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 		 391 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 		 373 aa  85.5  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 		 416 aa  85.5  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6254  putative urea/short-chain binding protein  23.22 
 
 		 369 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172457  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  24.91 
 
 		 388 aa  84  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 390 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 		 395 aa  83.6  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  24.25 
 
 		 401 aa  83.2  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  22.99 
 
 		 392 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  23.23 
 
 		 412 aa  82.8  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  24.37 
 
 		 390 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 383 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  27.03 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 		 386 aa  82  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.31 
 
 		 411 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0482  extracellular ligand-binding receptor  32.84 
 
 		 412 aa  81.6  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 		 406 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  21.81 
 
 		 393 aa  80.9  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  25.06 
 
 		 412 aa  80.5  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 		 400 aa  80.5  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 		 384 aa  80.1  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  22.53 
 
 		 406 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 415 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 417 aa  79.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 		 417 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 415 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 390 aa  79.7  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 		 411 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.89 
 
 		 414 aa  79  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 		 390 aa  78.6  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 394 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.63 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  23.71 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 		 397 aa  78.6  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  22.71 
 
 		 390 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 		 395 aa  77.8  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  26.1 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 415 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  27.35 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  22.58 
 
 		 405 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 396 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  21.8 
 
 		 392 aa  76.6  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 419 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 		 407 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.41 
 
 		 397 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 		 395 aa  76.3  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.89 
 
 		 399 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 		 441 aa  75.9  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  20.32 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 		 395 aa  75.5  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  25.91 
 
 		 410 aa  75.5  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 401 aa  75.5  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 		 399 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  23.41 
 
 		 397 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 		 396 aa  75.5  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 		 400 aa  74.3  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  22.68 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3980  histidine kinase  25.37 
 
 		 659 aa  75.1  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.76 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 		 402 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  22.68 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  23.18 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.24 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  27.17 
 
 		 438 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 		 405 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.81 
 
 		 415 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7583  ABC transporter substrate-binding protein  24.63 
 
 		 393 aa  73.9  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185627  normal  0.979023 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2137  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  29.48 
 
 		 404 aa  73.6  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  24.54 
 
 		 395 aa  73.9  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 		 419 aa  73.6  0.000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>