More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7583 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7583  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
393 aa  788    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185627  normal  0.979023 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0939  nitrile hydratase regulator  71.47 
 
 
395 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.108797  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1042  putative nitrile hydratase regulator  67.37 
 
 
395 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6437  regulatory protein  42.98 
 
 
367 aa  262  8e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.617254 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2325  nitrile hydratase regulator  43.77 
 
 
362 aa  257  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0652  regulatory protein  38.12 
 
 
352 aa  243  6e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.756349  normal  0.401902 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4453  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter (substrate binding protein)  40.29 
 
 
350 aa  237  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4040  regulatory protein  33.64 
 
 
357 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1939  regulatory protein  39.83 
 
 
346 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  34.8 
 
 
416 aa  182  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 
421 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.99 
 
 
389 aa  169  9e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
419 aa  169  1e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 
384 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
393 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  31.06 
 
 
397 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.9 
 
 
393 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.03 
 
 
420 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.85 
 
 
414 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.17 
 
 
416 aa  162  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  30.99 
 
 
414 aa  159  6e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  31.03 
 
 
417 aa  159  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  31.83 
 
 
386 aa  159  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  31.03 
 
 
417 aa  159  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  31.52 
 
 
414 aa  157  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  30.53 
 
 
420 aa  156  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  30.41 
 
 
422 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  30.91 
 
 
391 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  30.42 
 
 
413 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
387 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  30.7 
 
 
413 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
382 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
382 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  30.1 
 
 
413 aa  153  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  30.51 
 
 
420 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  29.27 
 
 
422 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  28.03 
 
 
418 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  30 
 
 
392 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  28.29 
 
 
418 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  30.58 
 
 
426 aa  150  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.97 
 
 
424 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.07 
 
 
418 aa  150  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.94 
 
 
421 aa  150  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.97 
 
 
424 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.97 
 
 
424 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  29.87 
 
 
422 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  29.05 
 
 
410 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6254  putative urea/short-chain binding protein  27.84 
 
 
369 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172457  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
384 aa  146  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  29.41 
 
 
421 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 
421 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 
421 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
438 aa  144  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.12 
 
 
415 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  30.33 
 
 
405 aa  142  8e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  28.81 
 
 
443 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  27.38 
 
 
463 aa  140  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  28.57 
 
 
405 aa  138  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
402 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
407 aa  136  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  29.23 
 
 
407 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  30.15 
 
 
412 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
423 aa  134  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  29.55 
 
 
404 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  27 
 
 
440 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  30.28 
 
 
391 aa  133  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  28.81 
 
 
407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  27.49 
 
 
431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  31.31 
 
 
385 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  30.59 
 
 
407 aa  130  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  26.53 
 
 
840 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  26.73 
 
 
431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  26.61 
 
 
419 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  27.22 
 
 
419 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  27.27 
 
 
432 aa  126  8.000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  25.38 
 
 
410 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  26.63 
 
 
388 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  29.86 
 
 
428 aa  125  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  29.23 
 
 
420 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00881  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.16 
 
 
403 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  24.09 
 
 
436 aa  124  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.28 
 
 
372 aa  124  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.46 
 
 
412 aa  122  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.04 
 
 
433 aa  122  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  27.16 
 
 
428 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.97 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
413 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  27.18 
 
 
411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2482  urea ABC transporter, urea binding protein  28.75 
 
 
435 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  28.92 
 
 
417 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  28.44 
 
 
435 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.824913 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  24.9 
 
 
436 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  27.38 
 
 
427 aa  121  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  28.44 
 
 
435 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0787  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.44 
 
 
435 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238628  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  28.7 
 
 
418 aa  121  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  28.44 
 
 
435 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>