More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0939 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0939  nitrile hydratase regulator  100 
 
 
395 aa  795    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.108797  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1042  putative nitrile hydratase regulator  90.38 
 
 
395 aa  682    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7583  ABC transporter substrate-binding protein  67.34 
 
 
393 aa  533  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185627  normal  0.979023 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2325  nitrile hydratase regulator  43.48 
 
 
362 aa  268  1e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6437  regulatory protein  45.38 
 
 
367 aa  265  8e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.617254 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0652  regulatory protein  38.78 
 
 
352 aa  242  9e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.756349  normal  0.401902 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4040  regulatory protein  33.43 
 
 
357 aa  229  6e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4453  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter (substrate binding protein)  37.28 
 
 
350 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1939  regulatory protein  39.83 
 
 
346 aa  218  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  34.38 
 
 
416 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
421 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
419 aa  152  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  31.43 
 
 
384 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  30.9 
 
 
386 aa  149  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.12 
 
 
421 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30 
 
 
420 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  31.03 
 
 
421 aa  147  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  29.6 
 
 
414 aa  146  6e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.56 
 
 
416 aa  146  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
402 aa  146  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.7 
 
 
424 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
421 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
421 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  31.01 
 
 
426 aa  144  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.81 
 
 
389 aa  144  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  32.01 
 
 
414 aa  143  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.39 
 
 
424 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.39 
 
 
424 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.79 
 
 
414 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  28.95 
 
 
418 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  29.11 
 
 
420 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  32.44 
 
 
391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  27.27 
 
 
463 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6254  putative urea/short-chain binding protein  28.24 
 
 
369 aa  141  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172457  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
393 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  30.55 
 
 
392 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
387 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
397 aa  140  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
384 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
402 aa  140  6e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
382 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
421 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.55 
 
 
393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  28.34 
 
 
420 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  29.22 
 
 
391 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  30.94 
 
 
422 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
382 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  29.64 
 
 
422 aa  136  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.9 
 
 
415 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  26.67 
 
 
422 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.31 
 
 
418 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  29.43 
 
 
417 aa  134  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  29.43 
 
 
417 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  28.84 
 
 
413 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  27.25 
 
 
413 aa  133  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  29.47 
 
 
440 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  26.73 
 
 
418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  26.97 
 
 
413 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  30.09 
 
 
412 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  27.7 
 
 
405 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  31.33 
 
 
443 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  26.89 
 
 
410 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  31.98 
 
 
405 aa  126  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
438 aa  126  7e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
407 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  25.94 
 
 
419 aa  125  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  28.85 
 
 
840 aa  123  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  25.17 
 
 
436 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.2 
 
 
412 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.16 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  25.98 
 
 
404 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  28.93 
 
 
407 aa  120  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  28.3 
 
 
407 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  29.51 
 
 
385 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  31.16 
 
 
407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  24.48 
 
 
436 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  28.44 
 
 
411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
413 aa  117  5e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  27.12 
 
 
431 aa  117  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 
414 aa  116  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
423 aa  116  6e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30 
 
 
382 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  29.41 
 
 
428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4229  hypothetical protein  28.81 
 
 
426 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.527328  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  24.93 
 
 
431 aa  114  4.0000000000000004e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  27.72 
 
 
432 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  27.07 
 
 
425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  28.85 
 
 
425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.73 
 
 
380 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  28.53 
 
 
415 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  28.57 
 
 
411 aa  110  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  25.55 
 
 
388 aa  109  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  24.65 
 
 
410 aa  109  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.76 
 
 
391 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.31 
 
 
397 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  26.3 
 
 
412 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  24.2 
 
 
419 aa  107  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  29.61 
 
 
380 aa  106  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3020  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.91 
 
 
412 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  23.74 
 
 
428 aa  106  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>