More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1939 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_1939  regulatory protein  100 
 
 
346 aa  691    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0652  regulatory protein  49 
 
 
352 aa  325  7e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.756349  normal  0.401902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6437  regulatory protein  52.16 
 
 
367 aa  320  3e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.617254 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4040  regulatory protein  36.31 
 
 
357 aa  250  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2325  nitrile hydratase regulator  39.83 
 
 
362 aa  231  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1042  putative nitrile hydratase regulator  39.88 
 
 
395 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7583  ABC transporter substrate-binding protein  39.83 
 
 
393 aa  219  6e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185627  normal  0.979023 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0939  nitrile hydratase regulator  39.83 
 
 
395 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.108797  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4453  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter (substrate binding protein)  31.03 
 
 
350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  29.8 
 
 
463 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
402 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  30.1 
 
 
421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  30.1 
 
 
421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 
413 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
421 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
402 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
419 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 
438 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.38 
 
 
421 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  29.02 
 
 
412 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  28.46 
 
 
421 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.35 
 
 
420 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  27.62 
 
 
418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  26.95 
 
 
416 aa  115  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.97 
 
 
414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  26.79 
 
 
410 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  25.93 
 
 
443 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.49 
 
 
424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  27.89 
 
 
422 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6254  putative urea/short-chain binding protein  26.87 
 
 
369 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172457  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.49 
 
 
424 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.49 
 
 
424 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.05 
 
 
418 aa  113  5e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  28.1 
 
 
428 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  26.51 
 
 
413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  28.41 
 
 
405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  27.56 
 
 
440 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  29.72 
 
 
425 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  30.06 
 
 
385 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  26.54 
 
 
414 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
423 aa  108  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  26.2 
 
 
410 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  25.08 
 
 
414 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
397 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.8 
 
 
433 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  26.67 
 
 
405 aa  107  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  27.05 
 
 
420 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  27.13 
 
 
840 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.57 
 
 
389 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  28.82 
 
 
419 aa  106  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  25.32 
 
 
417 aa  106  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  25.32 
 
 
417 aa  106  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  25.6 
 
 
422 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  26.26 
 
 
432 aa  105  1e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  26.3 
 
 
419 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  26.23 
 
 
428 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.54 
 
 
382 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  29.41 
 
 
413 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
387 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  24.42 
 
 
418 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.75 
 
 
416 aa  104  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00881  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  24.36 
 
 
403 aa  103  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  25.96 
 
 
427 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  29.02 
 
 
413 aa  103  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.38 
 
 
380 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.22 
 
 
415 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  26.07 
 
 
422 aa  102  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 
421 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  25 
 
 
420 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  25.32 
 
 
420 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  25.68 
 
 
422 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4149  putative urea short-chain amide or branched-chain amino acid uptake ABC transporter  24.79 
 
 
434 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  24.29 
 
 
426 aa  100  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  26.5 
 
 
420 aa  100  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
384 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2313  putative urea short-chain amide or branched-chain amino acid uptake ABC transporter periplasmic protein precursor  25.25 
 
 
443 aa  99.8  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00688905  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  26.5 
 
 
423 aa  99.4  8e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
382 aa  99.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  25.34 
 
 
391 aa  98.6  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
382 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  30.57 
 
 
407 aa  98.2  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  26.3 
 
 
386 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2620  putative UreA short-chain amide  26.45 
 
 
428 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0882904 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4229  hypothetical protein  25.87 
 
 
426 aa  97.4  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.527328  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
384 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  26.51 
 
 
415 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
454 aa  97.4  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1560  urea ABC transporter, substrate-binding protein  27.35 
 
 
422 aa  97.1  4e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  25.82 
 
 
421 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
393 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1202  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  25.61 
 
 
419 aa  96.3  7e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  27.9 
 
 
391 aa  96.3  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2986  ABC transporter for branched chain amino acids substrate binding protein  23.78 
 
 
425 aa  96.3  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.199519 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0954  urea ABC transporter, urea binding protein  25.82 
 
 
431 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  27.2 
 
 
407 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4605  urea ABC transporter, urea binding protein  26.45 
 
 
430 aa  95.9  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0446253  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1103  urea ABC transporter, urea binding protein  25.08 
 
 
433 aa  95.9  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  25.51 
 
 
418 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3683  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.82 
 
 
432 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  26.99 
 
 
404 aa  95.9  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>