More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2950 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2721  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  91.08 
 
 		 426 aa  788    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.368062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1291  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  99.77 
 
 		 426 aa  878    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 426 aa  879    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6073  Extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 		 426 aa  197  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  33.47 
 
 		 408 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  27.7 
 
 		 391 aa  101  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 390 aa  93.2  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.53 
 
 		 415 aa  91.3  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  29.96 
 
 		 417 aa  90.5  5e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  33.48 
 
 		 415 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 		 445 aa  89.7  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  29.55 
 
 		 413 aa  89  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 		 395 aa  88.6  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 412 aa  85.5  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 		 400 aa  85.9  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 		 417 aa  84.7  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 417 aa  83.6  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 		 437 aa  83.2  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.89 
 
 		 397 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  26.64 
 
 		 407 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 		 411 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 		 411 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 396 aa  80.9  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 		 395 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 393 aa  79  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  28 
 
 		 407 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 		 415 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  27.78 
 
 		 392 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 415 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 415 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 415 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.75 
 
 		 397 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  26.84 
 
 		 394 aa  76.6  0.0000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  29.96 
 
 		 405 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  24.1 
 
 		 392 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  27.31 
 
 		 397 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.1 
 
 		 385 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 		 395 aa  75.1  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 		 390 aa  74.7  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.55 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  26.47 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 		 383 aa  73.9  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 414 aa  73.6  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  22.39 
 
 		 385 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 		 368 aa  73.6  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.11 
 
 		 396 aa  73.2  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  30 
 
 		 395 aa  73.2  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 373 aa  72.8  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 		 415 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.42 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1830  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 375 aa  72  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.290342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  23.23 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  25 
 
 		 385 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  26.32 
 
 		 413 aa  71.2  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  25.93 
 
 		 443 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 		 386 aa  71.6  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 		 384 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 		 339 aa  70.9  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 374 aa  70.5  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.91 
 
 		 395 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 470 aa  70.5  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  26.87 
 
 		 415 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.89 
 
 		 378 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 395 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 392 aa  70.1  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  34.78 
 
 		 390 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 		 379 aa  69.3  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 379 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 381 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 387 aa  69.3  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 396 aa  68.9  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 417 aa  69.3  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  23.35 
 
 		 450 aa  68.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  25.4 
 
 		 412 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 370 aa  68.6  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 		 396 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.68 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 		 387 aa  68.6  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 395 aa  67.8  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>