More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_0154 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  99.49 
 
 
395 aa  802    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
395 aa  806    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  79.26 
 
 
401 aa  627  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  76.33 
 
 
411 aa  605  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  75.53 
 
 
401 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  70.63 
 
 
402 aa  578  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  71.13 
 
 
406 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  73.14 
 
 
402 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  65.49 
 
 
395 aa  505  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  61.76 
 
 
398 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  61.39 
 
 
402 aa  483  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  62.23 
 
 
405 aa  475  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  58.67 
 
 
411 aa  474  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  59.15 
 
 
421 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  53.52 
 
 
402 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  56.88 
 
 
406 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  56.35 
 
 
406 aa  412  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
415 aa  176  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 
408 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
437 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
410 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
415 aa  122  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 
417 aa  119  6e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  31.46 
 
 
390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 
415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
396 aa  113  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 
384 aa  113  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  29.76 
 
 
423 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
415 aa  111  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
415 aa  111  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  31.54 
 
 
432 aa  110  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
441 aa  108  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
445 aa  107  5e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  26.46 
 
 
410 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.13 
 
 
376 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.91 
 
 
392 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
394 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
395 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
394 aa  103  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
411 aa  103  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  27.05 
 
 
438 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
413 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.68 
 
 
412 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  29.47 
 
 
392 aa  100  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
417 aa  100  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
382 aa  99.8  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  25.37 
 
 
391 aa  99.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 
400 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.69 
 
 
399 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  29.31 
 
 
392 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  26.89 
 
 
450 aa  98.6  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
415 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
399 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
407 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  24.77 
 
 
402 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  29.17 
 
 
394 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.08 
 
 
397 aa  96.7  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
421 aa  96.3  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
400 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
394 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
392 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  26.71 
 
 
422 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24 
 
 
397 aa  94.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
376 aa  94.4  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
394 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.32 
 
 
405 aa  93.2  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 
414 aa  93.2  7e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
405 aa  93.2  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.3 
 
 
397 aa  92.8  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
419 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  25.31 
 
 
410 aa  92.8  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
405 aa  92.8  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  27.47 
 
 
392 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
415 aa  92  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
401 aa  92  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
392 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  24.23 
 
 
407 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  24.23 
 
 
407 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  32.88 
 
 
397 aa  91.3  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
415 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
395 aa  90.5  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
389 aa  90.5  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  24.23 
 
 
402 aa  90.1  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
392 aa  89.7  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
378 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 
393 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
419 aa  89  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
401 aa  89.4  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
390 aa  89.4  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
387 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2330  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
386 aa  88.2  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
413 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
445 aa  88.6  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  23.38 
 
 
451 aa  88.2  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
386 aa  89  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.73 
 
 
405 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.08 
 
 
415 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>