More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2721 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  91.08 
 
 		 426 aa  788    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1291  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  90.85 
 
 		 426 aa  786    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2721  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 		 426 aa  875    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.368062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6073  Extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 		 426 aa  195  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 		 408 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  27.41 
 
 		 391 aa  99.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 		 415 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.08 
 
 		 415 aa  89.7  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 		 390 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 		 395 aa  88.2  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 		 417 aa  84.7  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 445 aa  83.2  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 		 400 aa  82  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 417 aa  82  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 		 412 aa  80.9  0.00000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 		 389 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 		 417 aa  79  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  27.94 
 
 		 413 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  30.93 
 
 		 411 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 395 aa  77.8  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.36 
 
 		 399 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  31.98 
 
 		 415 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  28.12 
 
 		 407 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.45 
 
 		 397 aa  76.3  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  24.89 
 
 		 396 aa  75.9  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 397 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 		 392 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  26.71 
 
 		 394 aa  75.1  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.69 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 		 437 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1045  twin-arginine translocation pathway signal  27.44 
 
 		 407 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.457214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 415 aa  74.7  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 382 aa  74.3  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  27.12 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 		 419 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 		 397 aa  73.9  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 		 396 aa  73.2  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 		 395 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 		 395 aa  72  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 		 395 aa  72.4  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  25.46 
 
 		 392 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  30 
 
 		 395 aa  71.2  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 415 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.26 
 
 		 395 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  22.34 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 405 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  37.82 
 
 		 339 aa  69.7  0.00000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 		 368 aa  69.3  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 		 405 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.21 
 
 		 379 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25 
 
 		 385 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 383 aa  69.3  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1830  Extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 		 375 aa  69.3  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.290342  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 		 393 aa  68.6  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 395 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  27.06 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 		 406 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 		 415 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 		 386 aa  67  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 394 aa  66.6  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  25 
 
 		 388 aa  66.6  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  32.37 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  32.67 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 		 390 aa  66.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.67 
 
 		 417 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  24.89 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 382 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 395 aa  65.5  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  26.47 
 
 		 409 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.92 
 
 		 515 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 		 384 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 		 392 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  24.31 
 
 		 379 aa  65.1  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 		 470 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  24.04 
 
 		 382 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 461 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 		 379 aa  65.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.91 
 
 		 405 aa  65.1  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 461 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 		 391 aa  64.7  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  24.89 
 
 		 385 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>