More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0074 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  100 
 
 		 394 aa  793    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  77 
 
 		 391 aa  609  1e-173  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  63.76 
 
 		 407 aa  463  1e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  58.33 
 
 		 420 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  55.18 
 
 		 393 aa  366  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  37.08 
 
 		 450 aa  223  7e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  33.66 
 
 		 405 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  34.24 
 
 		 405 aa  182  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  33.17 
 
 		 405 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  34.54 
 
 		 405 aa  182  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  33.17 
 
 		 405 aa  182  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  34.28 
 
 		 405 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.42 
 
 		 395 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  34.28 
 
 		 405 aa  181  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  33.17 
 
 		 405 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  33.92 
 
 		 405 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2066  Extracellular ligand-binding receptor  35.6 
 
 		 399 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.438352  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  32.77 
 
 		 470 aa  178  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  33.69 
 
 		 400 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  32.27 
 
 		 415 aa  173  5e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  33.87 
 
 		 397 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 400 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 394 aa  166  8e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.51 
 
 		 397 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  32.88 
 
 		 394 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  32.98 
 
 		 395 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  33.97 
 
 		 393 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0332  extracellular ligand-binding receptor  34.13 
 
 		 399 aa  150  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  28.61 
 
 		 397 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 		 396 aa  107  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 		 410 aa  106  8e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 390 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 		 414 aa  102  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 395 aa  102  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 390 aa  99.8  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 390 aa  99.8  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 400 aa  97.8  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 408 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 411 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 		 396 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 397 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 388 aa  93.2  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 388 aa  93.2  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 392 aa  92.4  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 		 401 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 395 aa  92.4  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 		 390 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 395 aa  89.7  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  27.06 
 
 		 393 aa  89.7  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 391 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 382 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.89 
 
 		 395 aa  87.8  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 368 aa  87.8  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 412 aa  86.3  9e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 		 395 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 401 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.51 
 
 		 417 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  23.71 
 
 		 382 aa  83.6  0.000000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 405 aa  83.2  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  26.91 
 
 		 406 aa  83.2  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 		 390 aa  82.8  0.000000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 		 367 aa  82.8  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 389 aa  82.8  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 396 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 		 367 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 376 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  25.53 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  27.49 
 
 		 421 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 		 387 aa  82  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 391 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  33.04 
 
 		 391 aa  81.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 402 aa  80.5  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  27.25 
 
 		 410 aa  80.9  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 		 387 aa  80.1  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 		 390 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  24.41 
 
 		 368 aa  80.1  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.49 
 
 		 395 aa  80.1  0.00000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 396 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  24.41 
 
 		 368 aa  79.7  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 396 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 445 aa  79.3  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 		 417 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  25.07 
 
 		 402 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 379 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  24.75 
 
 		 368 aa  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  28.52 
 
 		 411 aa  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  24.41 
 
 		 451 aa  77.4  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.28 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 406 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 391 aa  76.6  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  24.73 
 
 		 402 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 		 392 aa  76.3  0.0000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>