More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2425 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
411 aa  844    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  91.58 
 
 
405 aa  735    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  58.67 
 
 
395 aa  474  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  58.87 
 
 
395 aa  474  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  58.25 
 
 
401 aa  471  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  59.25 
 
 
395 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  59.25 
 
 
401 aa  463  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  56.43 
 
 
411 aa  458  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  58.98 
 
 
402 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  59.85 
 
 
421 aa  457  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  53.32 
 
 
402 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  55.36 
 
 
398 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.7 
 
 
402 aa  448  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  55.13 
 
 
406 aa  449  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  56.84 
 
 
402 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  48.88 
 
 
406 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  49.38 
 
 
406 aa  388  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  32.82 
 
 
415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
410 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
390 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
396 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
437 aa  119  7e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 
399 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
399 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
417 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.03 
 
 
392 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  27.14 
 
 
402 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
396 aa  116  8.999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.86 
 
 
397 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
415 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.94 
 
 
401 aa  109  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  26.86 
 
 
407 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.86 
 
 
407 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.86 
 
 
402 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
384 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
401 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  28.36 
 
 
423 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.07 
 
 
401 aa  105  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
401 aa  103  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.92 
 
 
414 aa  103  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
417 aa  103  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  25.34 
 
 
422 aa  103  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
389 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.52 
 
 
397 aa  101  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  31.56 
 
 
445 aa  100  5e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
378 aa  100  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.45 
 
 
401 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  26.52 
 
 
410 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
400 aa  97.8  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 
411 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
415 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 
441 aa  97.8  3e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
417 aa  97.8  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
395 aa  97.1  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
432 aa  96.7  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
411 aa  96.3  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.67 
 
 
405 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
411 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  24.93 
 
 
405 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
412 aa  94.4  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  25.24 
 
 
400 aa  94.4  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
390 aa  94.4  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
415 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  23.53 
 
 
391 aa  92.4  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.67 
 
 
405 aa  92.4  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
390 aa  92.4  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.67 
 
 
405 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
395 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  26.65 
 
 
390 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
400 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 
405 aa  91.7  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.73 
 
 
405 aa  92  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
389 aa  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  25.63 
 
 
412 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 
411 aa  90.9  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.4 
 
 
405 aa  90.5  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 
416 aa  90.5  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
416 aa  90.1  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.23 
 
 
415 aa  90.1  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  22.67 
 
 
395 aa  89.7  8e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.1 
 
 
403 aa  89.7  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  24.14 
 
 
405 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.14 
 
 
405 aa  89  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 
394 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  24.81 
 
 
405 aa  88.2  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
416 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.14 
 
 
395 aa  89  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  25.07 
 
 
410 aa  88.6  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
407 aa  87.8  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 
415 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 
411 aa  88.2  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.42 
 
 
376 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 
415 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.92 
 
 
400 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 
390 aa  87.4  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
388 aa  87.4  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.92 
 
 
400 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
399 aa  86.3  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.92 
 
 
400 aa  86.7  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>