More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4882 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
394 aa  801    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  93 
 
 
400 aa  747    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  91.4 
 
 
393 aa  692    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  88.44 
 
 
397 aa  671    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  93.91 
 
 
394 aa  747    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  70.59 
 
 
395 aa  550  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  70.7 
 
 
400 aa  543  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2066  Extracellular ligand-binding receptor  69.62 
 
 
399 aa  530  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.438352  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  63.24 
 
 
415 aa  525  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  68.53 
 
 
397 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0332  extracellular ligand-binding receptor  65.86 
 
 
399 aa  476  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  62.37 
 
 
403 aa  450  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  46.15 
 
 
405 aa  355  8.999999999999999e-97  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  46.17 
 
 
405 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  45.93 
 
 
405 aa  351  1e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  46.17 
 
 
405 aa  351  1e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  46.8 
 
 
395 aa  349  4e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  47.31 
 
 
405 aa  349  5e-95  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  47.31 
 
 
405 aa  347  1e-94  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  47.06 
 
 
405 aa  347  2e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  45.68 
 
 
405 aa  346  5e-94  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  45.43 
 
 
405 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  36.76 
 
 
450 aa  244  9.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  33.98 
 
 
470 aa  186  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  32.73 
 
 
394 aa  167  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 
393 aa  157  4e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  32.65 
 
 
420 aa  150  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
391 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 
407 aa  142  9e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 
390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
408 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
384 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  30.4 
 
 
392 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
390 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
392 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
397 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
415 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
395 aa  105  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
395 aa  104  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  29.71 
 
 
392 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
392 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
411 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  28.94 
 
 
410 aa  103  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
395 aa  103  7e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
396 aa  102  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
390 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
390 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
390 aa  100  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
390 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
396 aa  98.6  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
401 aa  98.2  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
415 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
415 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
395 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
390 aa  97.1  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
417 aa  97.1  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
445 aa  95.5  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
415 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
395 aa  95.5  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
395 aa  95.9  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
395 aa  95.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
388 aa  94.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
388 aa  94.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
405 aa  94  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  25.41 
 
 
402 aa  93.6  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2526  branched chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  26.93 
 
 
471 aa  93.2  7e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.859261  normal  0.847765 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  26.23 
 
 
406 aa  93.2  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
413 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
393 aa  92.4  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
389 aa  92.8  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 
391 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 
401 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  24.38 
 
 
402 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
390 aa  90.5  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  26.15 
 
 
421 aa  89.7  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
391 aa  89.7  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
402 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.82 
 
 
415 aa  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  23.23 
 
 
415 aa  89.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  27.59 
 
 
413 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  24.34 
 
 
390 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2173  branched chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  26.27 
 
 
455 aa  88.6  2e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.473102  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.47 
 
 
397 aa  88.2  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
376 aa  87.4  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.07 
 
 
401 aa  87.4  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  26.81 
 
 
395 aa  87.4  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
415 aa  87  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.4 
 
 
407 aa  86.3  9e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.53 
 
 
417 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
402 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  26.27 
 
 
411 aa  85.9  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
392 aa  85.5  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
411 aa  85.5  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
387 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
419 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 
414 aa  84.3  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
411 aa  84  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  25 
 
 
392 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.15 
 
 
398 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>