More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4204 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  89.25 
 
 
397 aa  676    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
400 aa  813    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  91.67 
 
 
393 aa  693    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  92.75 
 
 
394 aa  744    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  95.5 
 
 
394 aa  756    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  69.52 
 
 
395 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  69.62 
 
 
400 aa  535  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2066  Extracellular ligand-binding receptor  68.82 
 
 
399 aa  524  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.438352  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  62.53 
 
 
415 aa  515  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  67.02 
 
 
397 aa  512  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0332  extracellular ligand-binding receptor  64.81 
 
 
399 aa  476  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  61.83 
 
 
403 aa  447  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  48.52 
 
 
405 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  46.63 
 
 
405 aa  355  1e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  48.79 
 
 
405 aa  354  1e-96  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  48.52 
 
 
405 aa  352  8.999999999999999e-96  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  49.06 
 
 
405 aa  351  1e-95  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  48.52 
 
 
395 aa  351  1e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  46.38 
 
 
405 aa  350  2e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  49.06 
 
 
405 aa  349  4e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  47.79 
 
 
405 aa  349  5e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  46.13 
 
 
405 aa  347  2e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  37.7 
 
 
450 aa  249  4e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  34.14 
 
 
470 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  32.82 
 
 
394 aa  170  4e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 
393 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 
391 aa  151  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  32.07 
 
 
420 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
407 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
384 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  30.13 
 
 
392 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
415 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
410 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 
395 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
397 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
411 aa  107  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  29.51 
 
 
392 aa  106  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
392 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
395 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 
392 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
390 aa  103  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  30.22 
 
 
405 aa  103  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
395 aa  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
390 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
396 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 
395 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  27.34 
 
 
410 aa  101  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
445 aa  100  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
415 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
390 aa  99.4  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
415 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
390 aa  98.6  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2526  branched chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  27.47 
 
 
471 aa  98.6  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.859261  normal  0.847765 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
395 aa  96.3  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
415 aa  96.3  8e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
395 aa  96.3  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
402 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  26.58 
 
 
421 aa  95.5  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
396 aa  95.1  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
415 aa  94.4  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 
413 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
393 aa  93.6  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.84 
 
 
415 aa  93.2  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  25.27 
 
 
402 aa  93.2  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2173  branched chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  27.35 
 
 
455 aa  92.8  9e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.473102  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  24.35 
 
 
402 aa  92.8  9e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
391 aa  92.8  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
401 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
411 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
401 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  27.38 
 
 
413 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.16 
 
 
417 aa  90.5  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
389 aa  90.1  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
390 aa  90.5  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.11 
 
 
395 aa  90.1  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
402 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  25.2 
 
 
390 aa  89.7  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
391 aa  89.4  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
376 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.79 
 
 
397 aa  89.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  26.32 
 
 
406 aa  89.4  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
388 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
388 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
415 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
390 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
395 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
417 aa  88.2  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
387 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  27.42 
 
 
393 aa  88.6  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.4 
 
 
407 aa  88.6  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
387 aa  86.7  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.51 
 
 
414 aa  86.7  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
405 aa  86.3  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
392 aa  85.5  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 
419 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
432 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>