More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4333 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 402 aa  814    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  97.26 
 
 		 402 aa  796    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  88.67 
 
 		 406 aa  728    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  70.89 
 
 		 395 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  70.89 
 
 		 395 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  72.56 
 
 		 401 aa  571  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  71.5 
 
 		 411 aa  571  1.0000000000000001e-162  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  70.77 
 
 		 401 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  65.16 
 
 		 395 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  59.24 
 
 		 398 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  60.22 
 
 		 402 aa  462  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  58.21 
 
 		 421 aa  457  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  55.53 
 
 		 411 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  58.18 
 
 		 405 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  54.03 
 
 		 402 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  53.16 
 
 		 406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  52.89 
 
 		 406 aa  403  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 		 415 aa  188  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 		 408 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 		 395 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 		 437 aa  125  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 		 396 aa  123  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 		 415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  27.86 
 
 		 410 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  29.08 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.54 
 
 		 390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 384 aa  114  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 		 392 aa  113  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.29 
 
 		 399 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 		 399 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  28.29 
 
 		 405 aa  111  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 411 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 		 415 aa  110  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 		 395 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 417 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  27.11 
 
 		 438 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 		 441 aa  107  3e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  30.25 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.3 
 
 		 391 aa  107  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  30.84 
 
 		 392 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  31.32 
 
 		 405 aa  107  5e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 		 411 aa  107  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.9 
 
 		 397 aa  107  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.61 
 
 		 392 aa  107  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 		 392 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 415 aa  106  9e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 415 aa  106  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  26.65 
 
 		 402 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.75 
 
 		 412 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  29.86 
 
 		 394 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 414 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 		 413 aa  104  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 		 445 aa  104  3e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 		 378 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 		 392 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 402 aa  103  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 		 419 aa  102  9e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.23 
 
 		 451 aa  102  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  27.03 
 
 		 419 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 		 397 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.89 
 
 		 396 aa  100  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.45 
 
 		 376 aa  100  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 		 417 aa  99.8  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 415 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 382 aa  99  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 		 432 aa  99  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 407 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 400 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  27.03 
 
 		 463 aa  98.2  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 		 401 aa  98.6  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 402 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 416 aa  98.2  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 		 389 aa  97.8  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.07 
 
 		 420 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  27.05 
 
 		 417 aa  97.4  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 		 401 aa  97.4  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  28.71 
 
 		 407 aa  97.4  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 		 421 aa  97.4  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 		 397 aa  97.4  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 		 421 aa  97.4  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.43 
 
 		 400 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 399 aa  97.1  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  26.45 
 
 		 418 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 		 382 aa  96.7  6e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 		 418 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.43 
 
 		 400 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.43 
 
 		 400 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  28.83 
 
 		 390 aa  95.5  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.79 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 417 aa  94.7  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  26.33 
 
 		 407 aa  95.5  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.33 
 
 		 407 aa  95.5  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  26.21 
 
 		 422 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 416 aa  94.4  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  23.73 
 
 		 394 aa  94  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 		 388 aa  94  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 		 388 aa  94  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  25.62 
 
 		 377 aa  93.6  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>