More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3427 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
422 aa  868    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  29.52 
 
 
397 aa  136  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
415 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
441 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
408 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  30.7 
 
 
445 aa  123  6e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  29.14 
 
 
421 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
437 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.81 
 
 
411 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  28.62 
 
 
402 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 
398 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
402 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
406 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
415 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
405 aa  104  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 
411 aa  103  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.33 
 
 
395 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
401 aa  100  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
432 aa  99.4  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
445 aa  98.6  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
406 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  27.55 
 
 
392 aa  97.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
415 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.71 
 
 
402 aa  96.7  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
395 aa  95.5  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
415 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
415 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
395 aa  95.1  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
406 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
411 aa  94.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.53 
 
 
415 aa  93.6  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
402 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
415 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
415 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
401 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
391 aa  89.4  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
384 aa  89.4  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.88 
 
 
417 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
392 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 
411 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  25.64 
 
 
390 aa  87  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
413 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
392 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  27.7 
 
 
413 aa  85.9  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
391 aa  85.5  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
390 aa  84.3  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
401 aa  84  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
389 aa  83.2  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  28.62 
 
 
432 aa  83.2  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
389 aa  83.2  0.000000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.78 
 
 
471 aa  82.8  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.25 
 
 
395 aa  82  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 
405 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
390 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.28 
 
 
471 aa  80.9  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
417 aa  80.9  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
390 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
395 aa  79.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  24.4 
 
 
392 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
396 aa  77.8  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 
386 aa  77.8  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  28.03 
 
 
413 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
414 aa  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
390 aa  77.8  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
397 aa  77.4  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
389 aa  77.4  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
403 aa  77.4  0.0000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  27.92 
 
 
420 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  25 
 
 
381 aa  76.6  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
390 aa  76.6  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
397 aa  76.3  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
381 aa  76.3  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
388 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
388 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
395 aa  75.5  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
399 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  27.55 
 
 
420 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  24.48 
 
 
402 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  26.15 
 
 
423 aa  73.9  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  26.55 
 
 
417 aa  73.6  0.000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
387 aa  72.8  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
400 aa  72.4  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 
390 aa  72.8  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3836  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
410 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.335848  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
390 aa  72  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.66 
 
 
405 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  26.04 
 
 
393 aa  72  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 
416 aa  72.4  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.66 
 
 
405 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.66 
 
 
405 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0667  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  28.23 
 
 
423 aa  71.6  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  22.54 
 
 
450 aa  71.2  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  26.84 
 
 
422 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25 
 
 
405 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
389 aa  70.9  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
397 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
390 aa  70.9  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  25 
 
 
405 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  24.19 
 
 
416 aa  70.5  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
419 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>